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分子模型实验报告 篇一：DNA结构模型搭建实验报告讲义 实验原理: 通过搭建DNA分子模型，可以加深对DNA分子双螺旋结构以及碱基配对原则的理解和认识。在搭建模型之前，首先回顾一下双螺旋结构的一般特征。由脱一分子的脱氧核糖、一份子磷酸和一份子碱基组合成脱氧核苷酸，再将不同碱基的脱氧核苷酸依次连接起来，就可制成DNA分子中的一条多核苷酸链。在制作DNA分子中的另一条多核苷酸链时，一定要遵循碱基配对原则。最后，将两条多核苷酸链并排对齐，并向右旋转，使螺旋的螺距为10对碱基，就能制成一个DNA分子的双螺旋结构模型。 注意事项： 1、制作的双链是不是只有一种结构？显然不是，我们说过脱氧核苷酸的排列顺序、数量、种类都会影响DNA的结构。 2、通过制作脱氧核苷酸发现，只有四种脱氧核苷酸。 3、不同的连接方式会产生多种多样的DNA结构，这样证明了DNA结构的多样性。 实验步骤： 1．将一个球形塑料片(代表磷酸)和一个长方形塑料片(4种不同颜色的长方形塑料片分别代表4种不同的碱基)，一个五边形的塑料片 (代表脱氧核糖)连接起来,制成一个脱氧核苷酸。用同样的方法制作一个个含有不同碱基的脱氧核苷酸模型。 2．将若干个制成的脱氧核苷酸模型，按照顺序依次连接起来（磷酸和五碳糖之间形成磷酸二酯键），这样就制作好了DNA分子中的一条多核苷酸链A。按同样方法制作好DNA的另一条多核苷酸链B (注意碱基的顺序及脱氧核苷酸的方向)，然后再按照碱基互补配对原则把两条链连接起来（碱基之间是以氢键相连）。 3．双手分别提起硬塑方框，拉直双链，向右旋转一下，即可得到一个DNA分子的双螺旋结构模型。 4．记录你的DNA分子模型中两条多核苷酸链的碱基序列。并与其他实验小组模型的碱基序列作对比。 注意事项： 1、连接一条链后，就记录自己的核苷酸顺序，称为A链；然后写出自己的另外一条B链的核苷酸的排列顺序，再搭建另外一条B链。 2、两条链连接的时候应该遵循碱基互补配对原则；两条链应该是反向平行的。 篇二：分子模拟实验实验报告生物大分子 分子模拟实验作业——生物大分子 一、实验部分 12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白（human-cyclin-dependent kinase 2,i,e.,CKD2和ATP的结合晶体结构），并采用不同的模型观察其特点 ①分别用卡通模型和丝带模型显示生物大分子结构，并用球棍模型、棒状模型显示其中小分子、金属离子等。 参考文献： Analysis of CDK2 Active-Site Hydration: A Method to Design New Inhibitors Zdeneˇk Krˇ?′z PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 55:258–274 (2004) 12.2 分子对接 ①聚合物对接前效果图 ②聚合物对接后效果图 对接后实际距离和设置的最优值 12-3-2在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度为260K，273K，298K，373K下的分子动力学模拟（10 ps），观察晶体机构的变化情况，并做定性解释。 ①不同温度下冰晶体结构图： 原始冰晶体结构图 由冰晶体在不同温度下的结构可见，随温度升高，冰晶体的各个水分子之间的距离不断增加，晶体结构趋向于分散无序状。 ②不同温度下，冰晶体分子动力学模拟图 ③不同温度下体系的总能量与势能 由曲线形状可见，经过分子动力学模拟之后，体系的能量降低，变得更加稳定。 由计算结果可见，体系的总能量和势能随温度的升高而增大。因为当温度升高时，分子的热运动加剧，使分子的伸缩、转动、振动势能增加从而使分子总能量增加，而体系的是能增加是因为非键相互作用尤其是分子间氢键相互作用减弱。 二、实验心得与体会 本(来自:www.zaidian.cOm 在 点 网)次实验主要进行了生物大分子的模拟。生物大分子一般包含上千个原子，目前还不能应用量子化学从头计算方法模拟，常用的方法有QM/MM方法，和纯粹的分子动力学模型。 1.关于分子力学要求掌握四点内容：（1）分子力学中，离子间的相互作用势能函数是什么？（2）势函数中存在特定的参数，怎么给参数赋初值？（3）原子类型怎样确定？（4）力场有哪些？各自的适用范围是什么？下面详细解释：（1）V（r）有四项，前三项对应于键伸缩势能、弯曲势能和扭转势能。其中，键伸缩势能主要受键长影响，形式类似胡克定律；弯曲势能也类似胡克定律，但是描述的是键角的变化；扭转势能描述的是二面角扭转，形式同样类似胡克定律。（2）力参数：kstretch、kbend、ktorsion。要进行参数化要有大量的热力学光谱学数据和高级量子化学计算