高性能计算平台上的软件移植方法综述.pdf

高性能计算应用 51 高性能计算平台上的软件移植方法综述  寇大治 上海超级计算中心 上海201203 摘要: 本文就高性能计算平台上运行的软件移植的原则和方法进行了分析和综述，并给出了一些 跨平台软件移植的差异点和需要注意的情况。之后本文通过针对大规模并行计算的分子动力学 软件NAMD移植的介绍说明了软件移植的过程。 1. 引言 共扩充也导致了程序不兼容性以及转换困难。 高性能计算机已逐步应用到许多研究和业务 软件移植一般来说面对的都是一个成型的软件 领域，在核物理、航空航天、气象、石油勘探、生 包或软件产品，其功能和使用方法一般来说都比较 物、医学、能源、材料和环境等实际应用中发挥出 明确，这时需要针对软件移植进行分析的内容包括： 越来越重要的作用。 1，程序的实用性和应用的广泛性 随着高性能计算机研究与制造技术的发展，高 这是决定某个软件是否有移植价值的关键，这 性能计算机的体系结构已从向量计算机、共享内存 项工作需要通过调研调查和统计分析来确定，例如 并行机发展到了分布式内存并行机、分布共享内存 本文之后给出的并行移植例子中就包含了针对其功 并行机等多种类型。由于在长期的大规模科学工程 能特点和选择理由的分析。 并行计算研究、应用工作中，已经在并行机上积累 2，软件来源的可靠性 了大量的并行应用软件系统，在新的体系结构的并 当确定了所需移植的软件后，就需要重视被移 行机上，重新编写这些并行应用软件系统的代价是 植软件的正确性和可靠性，一般来说，被移植软件 无法估量的。最经济的做法是对这些应用软件系统 都需要使用在原始平台或原始来源能够正确运行的 进行移植。这也是应用高性能计算机、更早发挥高 源代码。本文所选移植例均给出了明确的软件来源。 性能计算机作用的更快捷、更经济的一种技术途径。 3，移植软件测试的正确性 对于被移植软件正确性的评判，主要是通过针 2. 软件移植的原则和方法 对应用的调试和测试，而调试或测试就需要选择稳 对并行应用软件的移植需遵循这样几个原则： 定、可靠，并具一定实际使用的代表性的调试程序 尽可能少地修改源程序、保持原并行算法不变、保 或者测试体系，一个完备的移植测试过程应当图1所 持原并行程序结构不变以及对并行应用软件的并行 示。 效率损失较少。 由于并行机在体系结构、操作系统上的不同， 给并行应用软件的移植带来了很大的困难。如：并 行平台、编译器、I/O方式、数据类型的表示、计算 精度等方面的区别，都会给并行应用软件的移植带 来困难。 随着计算技术的发展，多样性变得十分突出， 各种不同类型的计算平台也已经得到了广泛的应 用。各类高级程序语言也已经被广泛的使用，基于 这些程序语言又由各种各样的编译系统加以实施， 为了满足对更大的灵活性、更高的效率和更方便的 使用需要，这些程序语言总是不断被扩充，而这一 图1软件移植测试过程 52 《高性能计算发展与应用》 2012年第二期 总第三十九期 4，被移植软件在新环境下的合理性 以及程序实现时所用到的函数功能能在linux下使用 针对高性能计算使用软件所需的计算环境，尤 和实现，则在算法实现上移植工作也就做好了。因 其是并行环境，应当选择建立也以稳定和广泛使用 此，在移植过程