DNA不同提取方法对养殖池塘底泥细菌多样性PCR_DGGE检测的影响.pdf

吉林农业大学学报 2009, 31( 6) :771~ 776 http :/ / xuebao.j lau. edu. cn Journal of Jilin Agricultural University E mail :j lndxb@ vip . sina. com DNA X PCR- DGGE 1, 2 1 1 1 1 1 王 宇 , 林文辉, 王亚军, 毕 晔, 石存斌 , 吴淑勤 1. 中国水产科学院珠江水产研究所, 广州510380; 2. 大连水产学院生命科学与技术学院, 大 连116023 : 应用PCR- DGGE 技术研究了养殖池塘底泥中细菌DNA 5 提取方法对细菌多样性检测的影响结 果显示: ( 1) DNA 粗提液中腐殖酸与蛋白的纯度无正相关; (2) 5 方法提取的DNA 粗提液经过纯化后进行 PCR 均取得良好结果; ( 3) 采用复合破壁方法提取养殖池塘底泥细菌DNA 有利于显示细菌多样性; ( 4) DNA 提 取方法是影响池塘底泥细菌多样性PCR- DGGE 结果的关键因素, 与DNA 的产量纯度关系甚微; ( 5) 5 方法 相似性高达0179, 在对养殖池塘底泥细菌多样性进行粗略分析时均可使用; (6) 本试验中, 基于改进的Martin- aurent 法是用于养殖池塘底泥细菌多样性PCR- DGGE 研究的较好的总DNA 提取方法 : 养殖池塘底泥; 细菌多样性; DNA 提取; PCR- DGGE; 优势 群 : S955 : A : 1000-5684(2009) 06-0771-06 Influence of Different DNA Extraction Methods on Microbial Diversity PCR- DGGE Detection of Culture Pond Sendiment 1, 2 1 1 1 1 1 WA NG Yu , LIN Wen-hui , WA NG Ya-jun , BI Y e , SHI Cun-bin , WU Shu-qin 1. Research Institute of Pearl River Fisheries, ChineseAcademy of Fishery Sciences, Guangzhou 510380, China; 2. College of Aqua lfi e Science and Technology, Dalian Fisheries University, Dalian 116023, China Abstract: In this research, PCR- DGGE technique was used for studying five different extraction meth- ods of microbial DNA of the pond sediment in difference of microbial diversities. The purpose is to try to find extraction methods of DNA which can be best used to objectively reflect the diversities and advan- tages of the bacteria of the pon