三维分子结构检索系统的柔性构象检索.pdfVIP

第 16 卷 　第 2 期 计算机与应用化学 Vol 116 , No12 1999 年 3 月 28 日 Computers and Applied Chemsitry March , 1999 ·研究论文· 三维分子结构检索系统的柔性构象检索① ② 陈海峰　姚建华　袁身刚 　荔建锋　杨铄　郑崇直 ( 中国科学院上海有机化学研究所 , 中国科学院计算机化学开放实验室 　上海 　200032) 范波涛　A. PANA YE 　J 1P 1DOUCET (法国巴黎第七大学 , 拓扑及系统动力学研究所 　法国巴黎 　75005) 摘 　要 　介绍了 Monte Carlo 法和遗传算法两种柔性构象检索方法 , 并对 4 种药效团进行了柔性构象检索 , 经过 对比发现遗传算法可以在比较合理的时间内得得到较多的命中结构 , 比Monte Carlo 法更适用于柔性构象检索。 关键词 　柔性构象检索 , Monte Carlo 法 , 遗传算法 中图号 　O 561 11 , O 6 - 39 CONFORMATIONALLY FLEXIBLE SEARCHING IN 32DIMENSIONAL STRUCTURE SEARCHING SYSTEM CHEN Hai2Feng 　YAO Jian2Hua 　YUAN Sheng2Gang 　LI Jian2Feng YANG Shuo 　ZHENG Chong2Zhi ( L aboratory of Computer Chemist ry , S hanghai Institute of Organic Chemist ry , Chinese Academy of Sciences , Shanhai 　200032) FAN Bo2Tao 　Annick PANAYE 　J ean2Pierre DOUCET ( I TOD YS U niversite de Paris Ⅶ, Paris , France 　75005) ABSTRACT 　Two conformationally flexible searching methods , Monte Carlo and genetic algorithm , are introduced in this paper. Their performance was tested by four pharmacophores searching against a 25 000 3D structural database. The result showed that genetic algorithm can get more hit structures in a reasonable time than Monte Carlo does. It is conclud2 ed that genetic algorithm is more relevant method for 3D conformationally flexible searching. KEYWORDS 　Conformationall