家鸡核糖体蛋白基因RPS13的电子克隆及鉴定.pdfVIP

家鸡核糖体蛋白基因RPS13 的电子克隆及鉴定* 李亮，朱庆 四川农业大学动物科技学院，四川雅安（625014 ） E-mail：ll457@163.com 摘 要：本研究利用电子克隆的方法，对采用mRNA 差异显示技术分离到的一肝脏组织表 达的 cDNA 序列进行了分析。将该序列提交到 Genbank 的 dbEST 数据库，得登录号 CN606328。以该序列作为起始序列，对家鸡dbEST 以及nr 核酸数据库进行BLAST 检索， 发现该序列为一未知功能的EST 序列，属于UniGene 数据库中Gga.8499 基因簇。下载该基 因簇所有序列，利用CAP3 序列拼接程序获得 10 个基序(contig1-contig10),其中contig7 为包 含CN06328 的基序。采用BLASTx 以contig7 为起始序列检索所有物种核酸蛋白数据库nr ， 发现该基序正向第三阅读框编码的蛋白质与人、小鼠、大鼠等物种核糖体蛋白 RPS13 序列 完全一致，表明该序列为家鸡核糖体蛋白RPS13 的cDNA 序列。由于Genbank 中尚未有家 鸡RPS13 基因序列，故将该序列提交，得登录号AY626809 ，并将该序列与家鸡基因组序列 数据库进行了比对分析。 关键词：鸡，核糖体蛋白基因，电子克隆，生物信息学 中图分类号：Q343.1 随着全世界的分子生物学家们收集的原始信息不断激增，研究者可用的序列与结构信息 的快速增长，生物信息学在生物学的各个研究领域的研究中起着越来越大的作用。随着人类 和一些模式生物基因组测序的完成，这些生物的基因得以初步确定，这些基因都已被收录到 公共数据库中。表达序列标签 （Expressed Sequence Tags, ESTs ）代表着一段表达的基因序列， 这样就可用其与公共数据库的基因和ESTs进行电子克隆(in silico cloning)，得到有编码功能 的基因[1, 2] 。基于EST 电子杂交的基因克隆为预测基因序列和功能提供了经济、快捷的手段 [3] 和大量信息。在畜禽基因组研究中，家鸡作为一种模式生物，基因组序列测定以基本完成 ， 识别和分析家鸡的大量未知基因成为了当前研究者们的重要目标。本研究在通过实验方法获 取一段家鸡表达序列标签后，采用“ 电子延伸” 的方法，成功获得了家鸡核糖体蛋白基因 RPS13 的cDNA全序列，为畜禽新基因的研究探索了一种方法和思路。 1. 材料与方法 1.1 实验材料 通过mRNA差异显示法分离得到一家鸡肝脏组织表达的cDNA片段，通过克隆测序的方 法得到长度为555bp的核苷酸序列，将该序列提交到Genbank的dbEST数据库，获得登录号 CN606328 。 1.2 序列相似性比较 登陆NCBI （/ ），利用BLAST 中BLASTn工具对nr和dbEST两 个数据库中所有家鸡（Gallus Gallus ）的核酸序列分别进行核酸序列相似性搜索，确定该EST 在Genbank 中的存在和分布情况。 1.3 未知基因分析 若确认该 EST 为一未知功能的 EST ，则根据对 dbEST 和 nr 数据库的搜索结果，分别 * 本课题得到高等学校博士学科点专项科研基金[20050626005]及四川农业大学青年科技创新基金资助。 - 1 - 找出与该 EST 相似性最高的家鸡已知 EST 所在的基因蔟，下载该基因簇的所有核酸序列， 经整理后利用序列拼接程序 CAP3 对相应基因簇中的序列进行拼接，得到基序（contig ）。然 后又用 BLASTx 工具将所得 contig 与 nr 数据库进行相似性搜索，找出与该 contig 序列相似 的基因，从而确定该EST 的功能。 1. 4 基因的电子鉴定与分析