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Packageiontree.PDF
Package ‘iontree’
May 15, 2017
Type Package
Title Data management and analysis of ion trees from ion-trap mass
spectrometry
Version 1.22.0
Depends methods, rJava, RSQLite, XML
Suggests iontreeData
Author Mingshu Cao
Maintainer Mingshu Cao mingshu.cao@agresearch.co.nz
Description Ion fragmentation provides structural information for metabolite identifica-
tion. This package provides utility functions to manage and analyse MS2/MS3 fragmenta-
tion data from ion trap mass spectrometry. It was designed for high through-
put metabolomics data with many biological samples and a large numer of ion trees col-
lected. Tests have been done with data from low-resolution mass spectrometry but could be read-
ily extended to precursor ion based fragmentation data from high resoultion mass spectrometry.
License GPL-2
biocViews Metabolomics, MassSpectrometry
LazyLoad yes
NeedsCompilation no
R topics documented:
iontree-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
buildIonTree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
createDB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
distMS2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
formatSpec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
getMetaInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
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