浙江大学生物化学复习文档---包含历年真题.pdfVIP

,1.易错PCR MVP 途径 3.基因推敲 PDB 5，密码子的偏好性 同源建模 7.分子伴侣 简述蛋白质三维结构测定的一些方法 9.简述PCR 扩增前引物设计的一些基本原则 简述全局转录系统工程的原理及应用 1. 易错PCR 是在采用 DNA 聚合酶进行目的基因扩增时，通过调整反应条 件，如提高镁离子浓度、加入锰离子、改变体系中四种的 dNTPs 浓度或运 用低保真度 DNA 聚合酶等，来改变扩增过程中的突变频率，从而以一定的 频率向目的基因中随机引入突变，获得蛋白质分子的随机突变体。其关键 在于对合适突变频率的选择，突变频率太高会导致绝大多数突变为有害突 变，无法筛选到有益突变;突变频率太低则会导致文库中全是野生型群体。 理想的碱基置换率和易错的最佳条件主要依赖于突变的DNA 片段的长度。 通常，经一次突变的基因很难获得满意的结果，由此发展出连续易错 PCR (sequentialermr-PronePCR)策略。即将一次扩增得到的有益突变基因 作为下一次扩增的模板，连续反复地进行随机诱变，使每一次扩增得到的 正向突变累积而产生重要的有益突变。由于易错 PCR 涉及的遗传变化只发 生在单一分子内部，故属于无性进化 (asexualevolution)。它虽然可以有 效的产生突变，且操作方法简单，但其一般只适用较小的基因片段，且突 变碱基中转换高于颠换，应用范围较为有限。 3. 基因敲除就是通过同源重组将外源基因定点整合入靶细胞基因组上 某一确定的位点，以达到定点修饰改造染色体上某一基因的目的的一种技 术。它克服了随机整合的盲目性和偶然性，是一种理想的修饰、改造生物 遗传物质的方法。这项技术的诞生可以说是分子生物学技术上继转基因技 术后的又一革命。尤其是条件性、诱导性基因打靶系统的建立，使得对基 因靶位时间和空间上的操作更加明确、效果更加精确、可靠，它的发展将 为发育生物学、分子遗传学、免疫学及医学等学科提供了一个全新的、强 有力的研究、治疗手段，具有广泛的应用前景和商业价值。现在基因敲除 技术主要应用于动物模型的建立，而最成熟的实验动物是小鼠。 4. 蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB ）是一个生物大分子的 数据库，如蛋白质和核酸。这些数据包括 X 光晶体衍射或者 NMR 核磁共振 显示以及由全世界生物学家和生物化学家上传，在网上，它们可以通过PBD 的会员组织（PDBe, PDBj, RCSB ）免费获取。PDB 是由一个叫做世界蛋白质 数据库（Worldwide Protein Data Bank, wwPDB ）管理。PDB 是结构生物（如 结构基因组学）的一个关键性资源。大部分学术刊物，以及一些官方科研 机构[如美国的国立卫生研究院（NIH ）]，现在都要求科学家将它们研究的 蛋白质、核酸结构上传到PDB 5. 编码同一氨基酸的不同密码子称为同义密码，其差别仅在密码子的第3 位 碱基不同。不同种属间使用同义密码的频率有很大差异，如人类基因中，丙氨 酸（Ale ）密码子多为GCA,GCC 或GCT,而GCG 很少使用。更倾向于使用某 一种密码子。或者使用某一种密码子的概率大。 编码同一氨基酸的密码子称为同义密码子。比如精氨酸有六种编码同 义密码子（AGA，CGT，CGC，CGA，CGG，和AGG ）。但是在酵母基因组中， 精氨酸的 48% 由密码子 AGA 确定，而其余五种编码精氨酸的同义密码子 （CGT，CGC，CGA，CGG，和AGG ）则以较低的大致相等的频率被使用（每种 10%左右）。类似地，果蝇以完全不同的密码子使用偏性编码精氨酸，即比 起其它五种选择（每一种的出现频率约为 13%）来说，果蝇更倾向于使用密 码子 CGC （33%）。 6，同源模建应该是一种蛋白质结构预测方法，具体指是利用同一个家族的蛋白 质结构为模板来预测未知蛋白质的结构，基本条件是模板蛋白与待预测蛋白序列同源。 7. 分子伴侣：一组从细菌到人广泛存在的蛋白质，非共价地与新生肽链和解折叠 的蛋白质肽链结合，并帮助它们折叠和转运，通常不参与靶蛋白的生理功能。主要有三大 类：伴侣蛋白、热激蛋白 70 家族和热激蛋白90 家族。有一类分子伴侣属于热休克蛋白 (HSP ）在蛋白质的复性中起作用：HSP 对蛋白跨膜运输，结构折叠也有重要作用 8 蛋白质的三维结构是指其二三四级结构。。。X 射线衍射—只 能测定晶体结构。。。核磁共振，圆二色性（CD），荧光偏振，拉曼光 谱，扫描隧道显微术(STM)等 。 蛋白质三级结构测定主要