曙光培训文档-中国科学院昆明动物研究所网站首页.ppt

中科院昆明动物研究所培训 ---2008.11 云南昆明--- 8008100466 售前工程师：张希韬 TELLiuyi wangwei 1.曙光简介 2.高性能计算机基础 3.LINUX基础 4.高性能集群并行环境基础 5.机房现场介绍 1.曙光简介（见PPT） 2.高性能计算基础 2.1 什么是高性能并行计算机 由众多部件组成，具有运算速度快、存储容量大、可靠性高的特性。也称为：巨型计算机、超级计算机目前任何高性能计算和超级计算都离不开使用并行技术，所以高性能计算机肯定是并行计算机。 2.2高性能计算机的发展 ??专用时代 包括向量机，MPP系统，SGI NUMA 系统，SUN大型SMP系统，也包括我国的神威，银河，曙光1000，KJ。之所以称为“专用”，并不是说它们只能运行某种应用，是指它们的组成部件是专门设计的，它们的CPU板，内存板，I/O板，操作系统，甚至I/O系统，都是不能在其它系统中使用的。由于技术上桌面系统与高端系统的巨大差异，和用户群窄小。 普及时代 高性能计算机价格下降，应用门槛降低，应用开始普及。两个技术趋势起到重要作用。商品化趋势使得大量生产的商品部件接近了高性能计算机专有部件标准化趋势使得这些部件之间能够集成一个系统中，其中X86处理器、以太网、内存部件、Linux都起到决定性作用。机群系统是高性能计算机的一种，其技术基础和工业基础都是商品化和标准化。 2.3 流行的高性能计算机架构 ??并行向量机 ??SMP ??DSM（NUMA） ??MPP，节点可以是单处理器的节点，也可以是SMP，DSM ??Cluster ??混合架构 2.4 高性能计算市场竞争格局 HP IBM DELL 联想 SGI 曙光 三大厂商机架式服务器 三大厂商刀片式服务器 2.5 曙光高性能计算解决方案 PHPC 机架式集群 刀片式集群 二代小型机 机架式集群 应用领域–计算中心、CAE、计算化学、生物信息学等8-128节点应用 曙光方案 计算节点：A（I）610r-F、A（I）620r-F、A820r-F等 管理节点：A（I）620r-F、A（I）650r-F等 存储节点：A（I）620r-F、A（I）650r-F等 存储阵列：DS6310、DS8310、DS8340 计算网：H3C S5100/5600或Infiniband 管理网：H3C S5100或D-link 百兆、千兆交换机 管理软件：DCOS、DCAS 作业管理软件：OpenPBS、Torque、SGE或PBSPro 编译器：Intel、PGI 中小规模集群（8－64） 大规模集群（64－128） 刀片式集群 应用领域–计算中心、CAE、计算化学、生物信息学等8-512节点应用 曙光方案 计算节点：TC2600 Intel双路、AMD双路、AMD四路 管理节点：A（I）620r-F、A（I）650r-F等 存储节点：A（I）620r-F、A（I）650r-F等 存储阵列：DS6310、DS8310、DS8340 计算网：H3C S5100/5600或Infiniband 管理网：H3C S5100或D-link 百兆、千兆交换机 管理软件：DCOS、DCAS 作业管理软件：OpenPBS、Torque、SGE或PBSPro 编译器：Intel、PGI 刀片服务器方案优势 –大规模计算机群功耗、占地面积有明显降低，节能环保 –丰富的管理软件，提升系统易用性 刀片集群（64－256） 曙光5000系统 曙光5000的第一套系统于08年12月落户“上海超级计算中心”，系统峰值运算速度达到每秒230万亿次浮点运行（230TFLOPS），是目前国内速度最快的商用高性能计算机系统，这标志着中国成为继美国之后第二个能制造和应用超百万亿次商用高性能计算机的国家，也表明我国生产、应用、维护高性能计算机的能力达到世界先进水平 曙光5000是节点以刀片为主（刀片的CPU总数超过60个），集成GridView软件和曙光机柜的高性能计算机系统 曙光5000系统：?? 每机柜可达50片四路四核刀片（占用空间35U）?? 每机柜可达200CPU，800核的超高计算密度 曙光公司部分成功案例 中科院物理所 中科院力学所 中科院物数所 中国地质大学材化学院 中国地质大学数物学院 中科院长春应用化学所 云南大学 烟台师范大学物理系 华东理工大学 郑州大学材料物理实验室 武汉大学纳米设计实验室 武汉大学空间物理实验室 华中师范大学化学系 中山大学物理系 山东师范大学：