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分子动力学模拟：基本原理及 应用介绍 邵强 药物发现与设计中心 中科院上海药物所 2015.09.09 ˆ 电子运动方程： (H V ) (R,r ) E  (R,r ) ① el NN e el e ˆ 核运动方程 ： (T  E ) ( R) E (R) ②  el N N  方程①中的能量Eel(势能面)仅仅是原子核坐标有关。相应的，方程② 所表示的为在核势能面E(R)上的核运动方程。  直接求解