《基因芯片技术》第5章基因芯片数据质量.pptVIP

基因芯片技术;内容提要： 第一节 基因芯片数据质量 第二节 基因芯片弱信号处理 第三节 基因芯片数据归一化;生物学验证和解释;第一节 基因芯片数据质量一、芯片图形常见问题二、芯片误差产生原因三、如何减少芯片误差四、芯片数据质量判断 五、芯片平台实验数据的评估;一、芯片图像常见问题：;图像和背景都很均一;整体背景高;擦痕;质量好的双通道cDNA芯片;有水渍，洗涤是存在问题;保存不当，受潮;红色荧光背景高;;二、芯片误差来源分析;芯片误差来源;误差原因——克隆的准确性 ;误差原因——PCR扩增及产物纯化过程 ;误差原因——点样及点样后处理 ;误差原因——RNA抽提方法 ;误差原因——RNA的标记过程 ;误差原因——杂交过程 ;误差原因——硬件;误差原因——软件 ;三、如何减少芯片误差;减少误差——对基片进行检测;减少误差——对探针进行检测;减少误差——对PCR产物进行质检;减少误差——对玻片上cDNA固定浓度检修检测;四、芯片数据的质量判断;散点图;散点图的作用-对芯片质量进行监控 ;M-A散点图;散点图与M-A散点图比较 ;单个点的质量 ;如何处理质量低的信号：;基于芯片图像处理信号点的质量 ;五、芯片平台实验数据的评估;自身比较实验 ;自身比较实验;假阳性基因与假阳性率;假阳性产生的原因： ;假阴性产生原因;相关系数（correlation coefficient） ;