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Pymol 作图的实例 这是一个只是用鼠标操作的初步教程 Pdb 文件3ODU.pdb 打开文件 pymol 右侧 All 指所有的对象，2ODU 指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象 A: action 按钮 代表对这个对象的各种 ， S ：显示这个对象的某种样式， H ：隐藏某种样式， L ：显示某种label ， C ：显示的颜色 下面是操作过程： all H everything 点击 中的 ，选择 ，隐藏所有 3ODU S cartoon cartoon 点击 中的 ，选择 ，以 形式显示蛋白质 点 击 3ODU 中 的 C ， 选 择 by ss ， 以 二 级 结 构 分 配 颜 色 ， 选 择 S 1164 ITD 点击右下角的 ，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到 位 ，是配体 ITD sele ITD sele A 点击选择 ，此时 中就包含 这个残基，点击（ ）行的 ，选 择rename selection ，窗口中出现 ，更改 sele IDT IDT S sticks C by element 为 ，点击（ ）行的 选择 ，点击 ，选择 ，选择 ，，调整窗口使此分子清楚显示。 寻找IDT 与蛋白质相互作用的氢键： IDT A find polar contacts to other atoms in 行点击 选择 ，选择 ，再根据需要选择，这里选择 object , IDT 分子显示窗口中出现几个黄色的虚线 ， 行下面出现了新 C 的一行 ，这就是氢键的对象，点击这一行的 ，选择 red red ，把氢键显示为红色。 接着再显示跟IDT 形成氢键的残基 3ODU S lines IDT 点击 行的 ，选择 ，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting 要是residures 。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使 sele s1 S1 S sticks C by 用上述的方法把选择的残基（ ）改名为 。点击 行的 选择 ， 选择 elements , L residures . 点击 选择 显示出残基名称在这个例子中发现其中有一个 N 3 含有 个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢