NGS高通量测序公司实验组(内部培训教材)课程1创新.pptVIP

Illumina技术数据的格式 Illumina技术数据的质量控制 1.读长 2.插入片段 数据产品的主要属性 信息分析与技术应用 孤儿基因簇-药物筛选 RNA结构-基因功能 GWAS分析-基因功能预测及动植物育种 微生物群落分析-医学应用 ctDNA检测-无创产前 Thanks 目前，第三代测序主要有三种技术平台。两种通过掺入并检测荧光标记的核苷酸，来实现单分子测序。Helicos的遗传分析系统已上市，而Pacific Biosciences准备在明年推出单分子实时（SMRT）技术。第三种Oxford Nanopore的纳米孔（nanopore）测序还尚未有推出的时间表，但有可能是这三种当中最便宜的。纳米孔测序的优势在于它不需要对DNA进行标记，也就省去了昂贵的荧光试剂和CCD照相机。 2003年，斯坦福大学生物工程系的教授Stephen Quake博士成功演示了第一个单分子DNA测序实验。不久以后，Helicos BioSciences公司成立，Quake博士便是创始人之一。Helicos的目标是开发一种能对单个分子进行实时DNA测序的方法。在克服了重重困难之后，他们终于成功了。2008年，第一台单分子测序仪上市，它就是Helicos公司的杰作——HeliScope。 2008年第一台单分子测序仪。左边是HeliScope Single Molecule Sequencer.下2是HeliScope Sample Loader.下3是flowcell 右下是HeliScope Analysis Engine. * 测序速度 ? 一个MinION有500个纳米孔在并行测序，每个孔每秒测30bp，因此，要测到1G的数据，需要3天时间。 ? 测序错误率 ? 纳米孔测序错误率非常高，高到现有的sequencealignment软件都无法应对。UCSC的生物信息学专家测试了BWA,Bowtie等等，每一种都不太适合。而测序错误率也因软件不同而相差巨大，如果一定要给个数字的话，大约为30%的错误率。纳米孔技术无法像pacbio一样做环形测序，纳米孔公司的人也承认没有找到大幅度降低错误率的办法。 ? 样本制备 ? 样本的制备有点让人失望。原本吹嘘说是只要DNA提取出来就可以直接上机测序的，而事实上需要四步，最短要90分钟。分别为打断，末端修复，ATailing和加接头。这样做的主要目的是降低DNA穿过纳米孔的速度。 ? 应用 ? 纳米孔测序最大最有优势的应用是什么?纳米孔的CEO似乎也没有想清楚。 ? 首先，英国一所大学介绍了使用MinION的快速测序，能够在二十分钟内检测出沙门氏菌。在传染病快速检测方面有明显优势。 ? 其次：在人基因组复杂的区间，比如HLA，纳米孔的超长读长有很好的应用。 ? 第三：纳米孔的长片段测序和Illumina短序列测序相结合，方便基因组组装。 ? 但是，纳米孔测序不适合做无创产前诊断，肿瘤基因突变，也不适合做新生儿遗传性疾病筛查。 * ZSG 公司现在是角逐第三代测序技术众多公司的一个，其他的还有Roche 454 Life Sciences公司、美国VisiGen公司、美国应用分子进化基金会（Foundation for Applied Molecular Evolution）美国技术研发机构Reveo 英国base4 Innovation机构 哈佛大学的George Church组成的私人基因 组X团队（the Personal Genomics X team）等， * 美国ZS Genetics公司是一家使用电镜技术进行DNA测序的公司。ZSG process enables electron microscopes to “see” DNA 通过对不同碱基进行分子标记并单独照相的手段，ZSG使用高分辨电镜和电子计算机对DNA进行测序。 Advantages Our comparative advantages give us the potential for the lowest cost sequences: Our method requires 5 or fewer cycles of PCR; eliminating most of the chemistry and most of the error that PCR induces. Our unique contrast-atom labels are much smaller than fluorescent labels, and therefore easier to incorporate. Our Reading System is a modified version, focusing on automated