关于SNP-幻灯片.pptVIP

关于SNP 李欣刚 2008年7月17日 SNP概念 SNP，single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性。是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性,在群体中的发生频率不小于1 %。 包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等 转换是指同型碱基之间 G-A,T-C 颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间A-T、A-C、C-G、G-T 依据排列组合原理一共可以有6种替换情况 A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T 但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C-T 转换为主 其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成T SNP发生频率 在动物基因组中分布广泛 如果随即抽取两个人的基因组对比,大概1000个碱基就会出现一个SNP 如果样本数增加,SNP会继续增加 300-600bp即会出现一个SNP SNP的分型 例如:某些人染色体上某个位置的碱基是A,而另一些人染色体的相同位置上的碱基则是G。同一位置上的每个碱基类型叫做一个等位位点。除性染色体外,每个人体内的染色体都有两份。一个人所拥有的一对等位位点的类型被称作基因型( genotype ) 。对上述SNP 位点而言,一个人的基因型有3 种可能性,分别是AA、AG或GG。基因型这一名称既可以指个体的某个SNP的等位位点,也可以指基因组中很多SNPs的等位位点。 关于单体型haplotype 人类基因组中,相邻近的SNPs等位位点倾向于以一个整体遗传给后代。 位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP 等位位点被称作单体型( haplotype) 。 如果一个单体型有N 个变异位点,理论上就可能有n的10次方种可能的单体型。实际上,大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点,但是只用少数几个标签SNPs,就能够提供该区域内大多数的遗传多态模式,这样将大大减少用于基因型与疾病关联分析中的SNPs—基于板块理论。 国际HapMap计划 HapMap：haplotype map 欧裔30/非裔30/亚裔30 中国卷-本所曾长青老师组 提供亚洲一般的样本 3号、21号、8号染色体短臂 中国卷占总任务的10% SNP的意义（微观） 绝大多数位于非转录区，非编码区。 少数位于编码区。 编码区的意义，同义，错义，移码。 非转录区和非编码区的调控功能。 SNP的应用（宏观意义） 基因组制图中的应用 在种族遗传学和连锁不平衡性分析中的应用 医学中疾病易感性研究中的应用 药物基因组学研究中的应用 临床耐药研究中的应用 遗传育种的应用 基因组制图 “遗传图”、“物理图”、“序列图”和“转录图” 将SNPs 与人类基因组序列、物理和遗传图谱结合起来以期在序列变异、疾病关联基因、种族遗传和基因组扫描等方面作出进一步研究。 1998年，SNPs图谱，2227 个SNPs 定位和作图。 2001年，124万个SNPs的图谱。 目前超过500万个SNP位点，图谱未知。 种族遗传学 Tang 等，研究了来自世界五个地区(中国、马来、高加索、印度和非洲) 人群的MDR1 基因的单倍体和连锁不平衡特征,发现具有e12/ 1236T2e21/2677T2e26/ 3435T 亚型的单倍型mh5 在非洲人群以外的四种人群中高度表达,而具有e12/ 1236C2e21/ 2677G2e26/ 3435C 亚型的单倍型mh7 在非洲人群中占了1/ 3 以上,进一步证明了种族间的表形差异。 连锁不平衡性分析 原理：首先确定一批按一定间隔存在、覆盖整个基因组的SNP 标记,然后在特定群体中寻找这些SNP 标记与待研究特征之间的关系,即确定与特征相关的SNP 基因型,从而确定导致生物出现特定性状的基因组区域 Martin 等，为阿尔茨海默症(Alzheimer disease , AD) 的候选基因ApoE 附近的SNP 制图,在ApoE 周围1.5Mb 的区域内为60 个SNP 分型,并通过家系连锁分析,在ApoE 基因两侧各40kb 的区域内13 个SNP 中发现有7 个连锁,已有有力证据表明这7 个SNP 以及ApoE 基因周围16 kb 内另外两个SNP 与AD 连锁。 疾病易感性研究中的应用 原理：SNPs 被认为是一种稳定遗传的早期突变,与疾病有着稳定的相关性。当一个遗传标记的频率在患者明显超过非患者时,即表明该标记与疾病关联,通过比较分析两者的单倍型和研究连锁不平衡性,可将基因组中任何未知的致病基因定位。 Horikawa 等，应用SNPs作为遗传标记通过基于连锁不平衡的相关分析,在墨西哥裔美国人群和北欧人群中发现了一个DM 易感基因———钙离子中性蛋白酶基因(CAP