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生物信息学中的序列比对算法.pdf

生物信息学中的序列比对算法 唐玉荣 (中国农业大学现代精细农业系统集成研究教育部重点实验室,北京100083) cDm E—mail:tangyurong@vip.sina 摘要序列比对是生物信息学中基本的信息处理方法.对于发现生物序列中的功能、结构扣进化信息具有重要的意 针对目前序列比对算击普遍存在的不足.简单开绍了应用KDD技术进行序列相似性发现的定义及其处理过程。 关键词生物信息学序列比对知识发现 文章编号1002—8331一(2【】c)3)29—0005_03文献标识码A 中围分类号TP301.6 inBioinformaties Algorithms SequenceAlignment TangYurong ofModemPrecision ofEducation, (KeyLaboratory AgricultureSystemIntegrationResearch,Ministry China 100083) AgriculturalUniversity,Beijing Abstract: isabasicinformation methodinbloinformaticsandusefulfor Sequence alignment processing discovering functional,structural,and in evo[uti{mat3,informationbiologicalsequencos如pleatpalr-wise”驴encealignmemalgorithms of andBLASTand ofCLUSTALlt3edescribedand Smith-Waterman.FASTA muhiplesequencealignmentalgorithm in evaluatedthis After the based∞ paper attalyzingdiffieuhies白seq“en㈣alignment.ds钾ueneealignmentalgorithm isdiscussed.Thisdescribesthedefinitionanddata of inthis discovery discovery knowledge paper processingknowledge research. aligrtment sequence Keywords:Bioinformatics,Sequencealignment,KDD l 引言 是根据一个给定的计分甬数计算得到两个或多个字符串序列 随着基因组计划的实施,新的分子生物信息数据大晕涌 的最优比对131。即对两个或多个字符串序列通过匹配相对应的 现。如何从中得到有价值的知识是一

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