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生物信息学培训笔记-5.pdf
Computational Methods for Structural
Bioinforamtics and Computational Biology (5)
(Empirical Potential Function for Structure Prediction
and for Protein Design)
Jie Liang 梁杰
Molecular and Systems Computat ional
Bioengineering Lab (MoSCoBL)
Depa rtment of Bioengineering
University of Illinois at Chicago
上海交通大学系统医学研究院
上海生物信息技术研究中心
Dragon Star Short Course E-mail:jli ang@
Suzhou University,
June 14 June 18, 2009 /~j liang
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Today s Lecture
lTheoretical framework for developing
knowledge based potential
lStatistical potential function:
Two-body, three-body and cooperativity
Reference state, null model and motif finding
lOptimized potential function:
Global nonlinear fitness landscape
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Anfinsen s Experiments
l In vitro refolding studies
(Nobel prize, 1972)
Christian Anfinsen: ribonuclease
can refold spontaneously to active
form
X Same for other proteins
Sequence contains all information
for folding to its native form
(Anfinsen, 1973)
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Anfinsen s Hypothesis
lThermodynamic hypothesis of protein
folding:
A native protein folds into a three-dimensional
structure in equilibrium,
XThe state of the whole protein-solvent system
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