PyMOL简介与使用说明.pdfVIP

PyMOL简介及相关操作 报告人：丁洁女 组员：廖杨洁、杨承峰、段博、谭菲 组号：G13 2013-1-18 主要内容 一、PyMOL简介 • PyMOL概述 • PyMOL的特点 • PyMOL的界面介绍 二、PyMOL功能 三、PyMOL的基本操作 • 鼠标操作 • 命令操作 四、PyMOL应用实例 2 Example 3 PyMOL概述 • PyMOL是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件。 由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC将它商 业化。 • Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言， “Mol”则是英文分子 （molecule）的缩写，表示该软件用来显示 分子结构。 • PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白 质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学 文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。 • 网站：/ 4 PyMOL的特点 优点  强大的分子可视化软件  高质量科学论文发表图形  动画制作  文档文件和会话文件并存  鼠标操作与命令行操作  免费的开放源码 缺点  缺乏足够的文件资料  没有UNDO功能  功能不完善 Introduction to PyMOL 5 PyMOL的界面介绍 • PyMOL的使用界面：包 括一个图形显示窗口和 一个GUI窗口。 • GUI是图形用户界面 （Graphical User Interface）的缩写，由 菜单、按钮、正文框和 其他小工具构成。 • Viewer是PyMOL系统的 心脏。这是一个开放式 图形语言（OpenGL ）窗 口，所有的3D 图形在此 展示，并且用户可直接