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药物设计学读书报告 0558009 陈己鹏 获得性免疫缺陷综合症(AIDS，auquired immunodeficiency syndrome) ,(HIV，human immunodeficiency virus )′端加工”过程，在感染细胞的细胞质中进行，主要是选择性地将新的病毒cDNA切断产生黏性末端；第二步是“链转移”过程，即将切断的病毒cDNA插入到宿主的染色体中，体外试验已证实了这个过程。 β-二酮酸类整合酶抑制剂的发现使将整合酶作为抗逆转录病毒的新靶点成为可能。现已有数个整合酶抑制剂经美国FDA批准进入临床试验，但是整合酶催化活性中心的氨基酸被取代则对整合酶抑制剂有了一定的耐药性，并且耐药菌株已被分离证实。对第一代整合酶抑制剂耐受菌株在临床上出现的可能性迫切要求我们尽快研发第二代的整合酶抑制剂。我们在对喹诺酮3羧酸类第一代整合酶抑制剂及其相似物的化学特性研究基础上建立药效基团模型，并根据模型筛选发现了具有良好活性且结构多样的先导化合物。 II、研究方法： 在研究方法上，文献主要采用基于配体相似性的虚拟筛选——药效基团搜寻方法，该类方法一般流程为小分子准备→产生构象→有活性分子生成药效基团假设→优化、修改药效基团假设→生成药效基团假设→数据库搜寻。同时，在研究过程中也采用了一定的分子对接和视觉分析技术。 III、研究过程 ⑴、3-羧酸喹诺酮类药物药效基团研究： 日本的Toacco发现了一系列的3-羧酸喹诺酮类化合物具有良好的整合酶转化抑制活性，通过充足的研究分析得出，3-羧酸喹诺酮类化合物的整合酶抑制活性主要在于若干关键药效基团的特性，包括羧酸官能团的阴离子特性，氢键受体和供体（包括NH或N上取代基）特性，二个疏水芳环结构以及脂肪酸链的疏水性。构效关系分析还指出在喹诺酮母核N上取代基的变化对于整合酶抑制活性影响很小，而与抗逆转录病毒的活性关联性很高，原因可能在于母核N上取代基不参与与整合酶的结合，但是取代基对于分子的物理化学性质有很大的影响，从而对抗逆转录病毒的活性影响较高，因而我们在构建公共特征药效基团模型时不考虑母核N及其取代基的氢键供体作用和N上取代基的疏水活性。我们使用Catalyst软件包里面的HIPHOP方法产生公共特征药效基团假说。HIPHOP方法在原理上需要假定待测的一系列化合物以相似的构象结合在药物的结合位点上，并且与药物结合位点产生相类似的相互作用。 我们选取五个3-羧酸喹诺酮类化合物作为训练集，对每个化合物Catalyst中的Poling算法产生各种可能的构象集群，HIPHOP模块分析评价各个分子的构象集群和化合物的化学特性，产生了10个公共特征药效基团假设，均具有负离子（NI）官能团、氢键受体（HBA）、两个疏水性芳环（HRA）四个特性结构。更为细致的研究发现这10个药效基团假设中氢键受体的指向略有不同，而两个疏水性芳环的空间位置相似。HIPHOP根据模型与所有五个化合物关键化学特性的匹配程度评价打分。通过定量的研究各个模型之中药效基团之间的距离（图A）以及分析第一代整合酶抑制剂喹诺酮类化合物与模型的匹配程度（图B），选择最佳的模型用于后续的模型优化以及从小分子化合物库中筛选新化合物。其中选择过程为先选择评分最高的药效基团假设模建出三维药效基团模型，然后选择临床研究中的第一代3-羧酸喹诺酮类整合酶抑制剂进行匹配，考察匹配情况。 ⑵、化合物筛选 利用HIPHOP分析、产生、优化之后的最优模型，从小分子化合物库中筛选出一定数量的化合物，并对结果化合物与药效基团匹配数值进行分析，选择与匹配数值较高的少量化合物（200个）作为下一步的待选化合物并对所有待选化合物在药效基团模型上的映射情况进行视觉分析，确保所有的化合物与药效基团的拟合情况合理，然后对所有的待选化合物测试其与整合酶活性位点的结合活性，通过分子对接技术预测化合物与整合酶活性中心结合时的空间位置和作用能并采用视觉分析方法分析确认预测结果，最终筛选出56个先导化合物进行体外的整合酶抑制活性评价试验。筛选的标准主要是化合物的药效基团匹配数值、关键化学官能团在与模型匹配时的相对空间位置情况，同时将化合物与整合酶活性位点结合时的空间位置和与氨基酸残基之间的结合能情况作为另一条筛选标准。 Ⅳ、研究结果 ⑴、药效基团与对HIV-1病毒的整合酶催化活性关系 通过对筛选得到的最后56个先导化合物进行体外酶活性试验，最终获得11个具有较好抑制整合酶催化“3′加工”过程活性的化合物，并且其中有5个具有很好的抑制整合酶促进“链转移”过程的活性和良好的IC50值。对这5个化合物利用配体相似性采用2D药效基团搜寻方法搜寻结构类似物。其中在对化合物8的研究中发现化合物8的结构类似物均具有良好的抑制整合酶催化“3′加工”过程活性以及抑制“链转移”的活性，但是并不具备有