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Proteomics 蛋白质组学 Proteome Proteomics 定义 Proteome： 1994年，由澳大利亚Macguarie大学的Wilkins等首先提出：“蛋白质组指由一个细胞或一个组织的基因组所表达的全部蛋白质” “proteome”是由蛋白质一词的前几个字母“prote”和基因组一词的后几个字母“ome”拼接而成 Proteome Proteomics 定义 Proteomics： 蛋白质组学是从整体水平细胞内蛋白质的组成、结构、功能及其动态变化规律的科学。 研究内容包括分析蛋白质组所有组分及它们的表达水平，确定各种组分的空间定位、修饰方法、互作机制、生物活性及相应特定功能等。 由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识 Proteomics Structural Genomics Proteomics Functional Genomics 分类 Structural Proteomics 结构蛋白质组学 Functional Proteomics 功能蛋白质组学 Structural Proteomics Separation Identification PTM (post-translational modification) Identification Comparison Subtraction Analysis Functional Proteomics Localization Protein Complex Determination Protein-Protein Interaction/Interaction Network Function of Protein (Metabolic and Regulatory Pathway; Signal Transduction Pathway) 蛋白质组学研究思路与方法 策略、技术、工具 主要专业术语及其英文对照和缩写 IPG-IEF：固相pH梯度等电聚焦（immobilized pH gradients isoelectric focusing） SDS- PAGE：十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（Sodium dodecyl sulfate- polyacrylamide gel electrophoresis） 2-DE：双向电泳(Two Dimensional Electrophoresis) HPLC：高效液相色谱（High performance Liquid Chromatography） MALDI-TOF MS：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry) 研究策略 两条互补的实验流程 基于凝胶的工作流程 （Gel-based workflow） 基于液相色谱的工作流程 （LC-based workflow） 蛋白质组学实验室所需的条件 Sample Protein Preparation Usually the complexity of the protein and /or peptide mixture lies beyond the theoretical separation space of any separation method. Proteome Complexity. Genomic transcription in diversity; post-transcription processing; post-translational modification; constitution of combinatorial complex. It requires quite a long time for analysis of protein complex. Sample recovery low through separation: more steps, less overall recovery. The conc. of the proteins with a range of 6-order magnitude : in tissues, protein concentrations span a dynamic range of six orders of magnitudes (for regulatory protein or TFs a few molecules per cell, for housekeeping proteins milli