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分子模拟及分子动力学简介 什么是分子模拟 分子模拟的双重性质 分子模拟的大致分类 量子力学模拟：ab initio 分子级别的模拟 蒙特卡洛方法 分子动力学 CPMD:考虑量子效应的分子动力学 颗粒方法（Coarse Grain） 分子动力学简介 势能模型 简单分子的势能模型 复杂分子的势能模型 复杂分子的势能模型 例子：丙烷 键长 键角 扭矩 范德华力 不同类别原子之间的作用 静电力 周期边界条件 静电力的长程校正 多体作用 模型参数的获得 分子动力学程序的一般步骤 初始能量优化方法 积分方法 步长 复合步长 SHAKE，RATTLE NVE模拟 温度的计算 压力的计算 其他常见性质 NVT：温度的控制 NVT：温度的控制 NPT：压力控制 简单小型体系 大型（复杂）体系和并行算法 MPI 并行计算的主要矛盾 数据复制法 区域分解法 几种常见的针对软材料模拟分子动力学软件 NAMD AMBER CHARMM TINKER LAMMPS DL-POLY GROMACS 应用举例：C60和DNA的作用 背景 纳米颗粒一般是人工合成物质 纳米管，纳米球，纳米棒等等 纳米颗粒在生物医学方面的应用(PNAS, v99, p6645, 2002) 药物输送，基因输送 纳米颗粒的生物安全性 (Science, v300,p243, 2003) C60在鱼类脑部的累计 (Environme