高斯以及GV基本操作.pptVIP

3）、a：在Gaussview中打开f.chk文件看分子能量 3）、b：在EditPlus中打开log文件看分子能量 搜索文本中最后一个能量参数:SCF 对应的E即为分子能量，单位：Hartree 1 Hartree=27.2114ev= 2625.499 62 kJ/mol = 627.509?469 kcal/mol 4）、在Gaussview中打开f.chk文件看电荷 5、利用结构优化做其他计算 1：将log文件用GV打开保存为gjf文件 2：用Editplus软件打开修改命令行 3：td 指进行紫外吸收的计算， td opt指进行激发态优化 6、紫外吸收光谱的计算 一、原理： 计算激发吸收，即为紫外吸收光谱 二、gjf文件的书写 在优化结构的gjf文件基础上修改 %chk=文件名 #opt geom=connectivity b97d tzvp改为#td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp 其中重金属：nstart=50 计算完的log文件绘图 三、绘图 1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visable,然后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这个谱图的数据。 2、将数据导入orgin 8.0中，归一化 将计算激发态的log文件在Gausssun.exe中打开 同时生成一对应文件夹gausssum2.2中有相关的紫外谱图数据 Energy—能量 Wavelength—波长 Osc.strength—振子强度：在给定的谱线内，和一个原子的吸收作用相等效的谐振子的数目 表征原子的吸收或发射的重要物理参数。经典电动力学把辐射或吸收的基本单元看作是谐振子。电磁波的发射或吸收是由谐振子作简谐运动引起的。由此可以计算出一个振子的吸收系数。在确定的谱线内通常把一个原子的吸收作用用等效的振子数表达，这个数就叫作振子强度,常用f来表示。fik表示从分立能级i跃迁到k的振子强度。已知振子强度，就可求出原子吸收系数。 另一文件:UVSpectrum.txt拖入origin 软件，作图，归一化。如果直接不行，就先将数据拷贝到EXECL中，在origin 软件。 7、荧光发射光谱的计算 一、原理： 将激发态优化后，在到激发态，即为荧光发射光谱 二、gjf文件的书写 1、优化激发态 在激发态的gjf文件基础上修改 #td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp改为 #空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d tzvp 2、从优化的激发态跃迁到激发态 #空格opt td（root=1，nstart=3） geom=connectivity b97d tzvp改为 #td（root=1，nstart=15） geom=connectivity b97d tzvp 三、绘图 1、用GaussSun.exe 软件打开文件名.log文件，选：Electroic transions,UV-visable,然后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这个谱图的数据。 2、将数据导入orgin 8.0中，归一化 8、势能面扫描 一、原理 固定分子中的某个参数：如二面角、键角、键长，沿着旋转的过程中能量的变化，找出最稳结构 二、计算过程 1、修改坐标 打开GaussView， 点击 出现对话框，点击ADD，之后 选择旋转的条件:如图：选择bond 选择相应的键长 选择scan coordinate，多少step， 多少步长。 2、点击 Submit 3、results---scan 出现图 Save date 4、或者将数据导出用orgin8.0作图 拟合： Analysis-fitting-polynomial fit-open dial 出现对话框 polyorder2（一般）或者4 拟合，找出对应的数学公式 常用的一些口令 Xshell中 grep “Normal”*.out (看计算的文件是不是正确的) ls*. fchk(查看所有扩展名为fchk的文件) mv*./section1/serial 3 (将section1的数据移到serial 3中 ) mv*.文件扩展名/serial 3 (将文件扩展名的数据移到serial 3中 ) Ctrl+Z（中断当前指令） kill+PID号（结束当前命令）