GEO-基因表达综合数据库的应用和数据挖掘.pdf

MedMol J Biol，2009，6(2)：161．166 医学分子生物学杂志，2009，6(2)：16l—166 DOI：lO．3盯O／j．is吼1672j8009．2009．02．015 GEO一基因表达综合数据库的应用与数据挖掘 阴常欣1，马文丽1，郑文岭1’2 1南方医科大学基因工程研究所广州市，510515 2华南基因组研究中心广州市，510800 【摘要】 高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展，产生了大量的基因数据，生物信息迅速膨胀成 为数据的海洋。为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要，各种数据库应用而生， centerfor 其中，NCBI(nati∞al GEO)是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库，用户可以提交、储存和检索多种形式的数 据并免费使用。迄今为止，GE0已收录了300000个样本的数据，涉及16亿个基因表达丰度数据，涵盖 500多种生物体，广泛覆盖各种生物学内容。GE0数据库操作简单，数据全面，免费共享的优势为后期数 据挖掘和信息推广提供了良好的平台。文章概述了GE0数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物 ncbi．nh 学领域中的应用前景。登陆GE0数据库的网址为：http：／／删w Ilill．伊v／geo。 【关键词】 基因表达综合数据库；基因表达；数据挖掘 【中图分类号】 Q7 Data Gem ExpressionOmIlib吣(GEo) MiIlingApplicatio鹏using YIN Changxinl，MAⅥkIllil，ZHENGⅥreIllin91·2 。胁t如蚍旷＆删幻层画袱一ng，以而咖胞d池Z踟眈瑙毋，G眦蟛洳Ⅱ，5J∞J5，傀知 2以km伪iM‰妇胍∞rc九Ge，姗-，‰，l舻幻Ⅱ，5J08DD，劬梳口 witllthe of DNA seqllen． 【Abstr雠t】 developmenthigll·throughputmicro锄ytechnology龃d eno硼ousdatahave i—’o咖ationisnow accumulatedin cing， bl地n冀enerated．Biologicalbecoming astronomical t0makefuUu∞oftheva吼oceanofda忸andto dis— speed．Inorderto明alyze彻d help t曲ute ∞vemldatabaseshavebeen Gene the∞data。 developed．r11leExpressionOmnibu8(GEO) for the for 砒出eNationalCenterBiotechnologyInfonr眦ion(NCBI)islargestfuUypublicrepository hasanexible $uch f而m studies GEOdatabase and data，霉reneratedmosnymicro蝴y globaLlly．The allowsthe andretrievalof data tlle openaccessdesi鲫t