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上机三多序列比对与分子进化分析 教学目标 了解： 多序列比对的主要方法 基因组进化的意义 理解： 渐进算法的基本原理 系统发育树的构建步骤 掌握： 使用CLustalX、 MUSCLE进行多序列比对 使用MEGA构建系统发育树 资料准备与实验内容 资料下载地址： 下载“上机三_多序列比对与分子进化分析.rar” 资料内容： 多序列比对软件 ClustalX: clustalx-2.1-win.msi 多序列比对软件 muscle: muscle3.6 指导树查看软件TreeView: TreeView 进化分析软件 MEGA4：MEGA4_setup.exe MEGA使用说明：MEGA4.1使用指南.pdf 超级文本编辑器UltraEdit32：UltraEdit-32 来自21个物种的血红蛋白家族序列：HBA.fasta 来自13个物种的酪蛋白家族序列：CASA1.fasta 实验内容 1. 蛋白质家族数据库Pfam的使用 2. 使用ClustalX对血红蛋白alpha亚基家族序列HBA.fasta （HBA）进行多序列比对 3. 使用Muscle对对血红蛋白alpha亚基家族序列HBA.fasta （HBA）进行多序列比对 4.使用MEGA4 ，构建血红蛋白alpha亚基家族HBA （21个物种）的系统发育树 安装程序 安装ClustalX程序 看看程序安装到了何处？ 安装指导树显示程序TreeView 解压缩Muscle程序到本地磁盘， 如E:\muscle3.6 绿色软件，不用安装耶！ 安装MEGA软件，MEGA4_setup.exe 查看序列文件 使用UltraEdit查看HBA.fasta文件： 21条血红蛋白alpha亚基（HBA）数据 序列为fasta格式 各序列的物种来源如下： 操作一：蛋白质家族数据库Pfam的使用 Pfam网址：/ Question 有一条蛋白质序列如下： MKWVWALLLLAALGSGRAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIV AEFSVDETGQMSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGND DHWIVDTDYDTYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLA RQYRLIVHNGYCDGRSERNLL 在Pfam中进行序列检索 检索结果 操作二：使用ClustalX进行多序列比对 实验目的： 理解渐进算法比对原理，熟悉和掌握ClustalX的使用和比对结果分析。 实验内容： 使用ClastalX对血红蛋白alpha亚基家族序列HBA.fasta （HBA）进行多序列比对 操作步骤： 1、输入序列文件 2、设定比对参数 3、进行比对 4、分析结果 5、使用TreeView查看指导树文件 Use your mind! 独立思考，完成上述多序列比对任务 如果遇到困难，可参考接下来的使用指导。 导入序列文件 序列导入成功 设定一些比对参数 参数设定窗口 执行比对 比对结果保存 比对结果 结果初步分析：保守区域分析 在Pfam数据库中搜索HBA.fasta中的任意一条序列，查找证实该序列含有结构域Globin 例如将HBA.fasta中的第一条序列输入到Pfam中进行检索 HBA_ACCGE MVLSANDKTNVKNVFTKIGGHAEEYGAETLERMFTTYPPTKTYFPHFDLHHGSAQIKAHGKKVVGALIEAVNHIDDIAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAIHHPSVLTPEVHASLDKFLCAVGNVLTAKYR 选择保存结果文件的格式 保存比对结果的选择项 使用TreView查看指导树文件 使用TreView打开HBA.dnd文件，查看指导树 操作三：使用MUSCLE进行多序列比对 MUSCLE使用流程： 解压缩MUSCLE到硬盘 拷贝序列文件HBA.fasta到muscle文件夹内 “开始”菜单运行“CMD”，进入命令行操作系统 命令行操作进入到muscle目录 运行 muscle命令，查看参数设置说明 进行序列比对操作 DOS命令行操作基本命令 运行命令“muscle”，查看使用说明与参数设置 MUSCLE：使用说明 MUSCLE：使用说明 使用MUSCLE 进行比对过程演示 使用UltraEdit查看比对结果 操作四 构建血红蛋白alpha亚基家族HBA 的系统发育树 MEGA4启动界面 第一步：导入序列进行多序列比对序列HBA.fasta 选择序列文件HBA.fasta，并打开 HBA序列文件打开后的序列编辑窗口 序列编辑窗口各菜单