基于粒子群优化的支持向量机算法识别人类基因启动子.PDFVIP

安徽农业大学学报, 2015, 42(2): 310-315 Journal of Anhui Agricultural University [DOI] 10.13610/ki.1672-352x024 网络出版时间：2015-3-2 15:27:00 [URL] /kcms/detail/34.1162.S1527.024.html 基于粒子群优化的支持向量机算法识别人类基因启动子 张 文，陈园园，张 瑾，骈 聪，李 琴，张良云* (南京农业大学理学院，南京 210095) 摘 要：人类基因启动子识别是医学研究的基本需要。提取 DNA 序列碱基的 PZ 曲线特征、二核苷酸空间结 构特征、保守信号似然得分，以及 K 联体似然得分，结合 GC 含量变化和非均匀指数，构建基于粒子群优化的支 持向量机算法来识别人类基因启动子。利用粒子群优化支持向量机参数进行优化避免了人为选择的随机性，并且在 分类问题中表现出较好的稳健性。对测试集的 10-折交叉检验结果为：敏感性为 92% ，特异性为91% ，马修斯关联 系数为0.83。该结果表明，基于粒子群优化的支