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分子动力学模拟与药物研发 著：雅格布 ·D ·德兰特，J ·安德鲁 ·麦坎蒙，译：张浩晨 摘要：本文讨论了例如蛋白质等大分子结构的受体及其相应的小分子配体的多原子计算机模 拟在药物研发中的作用。包括对于隐秘或存在变构现象的结合位点的识别，对于传统虚拟筛 选方法的改进增强，以及对于小分子结合所需能量的直接预测。目前所用模拟方法的局限性， 即较高的计算成本和所要求分子模拟力场的近似性，也在文中提及。随着计算机计算能力的 提升和分子动力学算法的改进，计算机辅助药物设计的前景充满希望，其中分子动力学模拟 技术将充当越来越重要的作用。 关键字：分子动力学模拟，计算机辅助药物设计，隐秘结合位点，变构结合位点，虚拟筛选， 自由能预测 介绍 1965 年诺贝尔物理学奖获得者理查德 ·费曼，曾经有句名言说：“如果我们 要做出一种假设来引导我们去探索生命的奥秘，那就是一切都是由原子构成的， 而生命体所做的一切行为都可以理解为原子间有规律的或温和或剧烈的跃动。” 过去的 50 年里，很多生物物理学一直致力于更好地了解原子的这种