电子断层三维重构技术的研究与进展-中国科学院科技论文预发布平台.PDFVIP

第 9 卷第 5 期 信息技术快报 Vol.9 No.5 Information Technology Letter Sep. 2011 电子断层三维重构技术的研究与进展 张法，万晓华，储琪 摘要：电子断层三维重构技术能够在纳米尺度下重构出不具有全同性的细胞或大分子的三维结构，已经成 为一种公认的研究生物大分子结构强有力手段。然而，电子断层三维重构仍然存在二维图像对位不精确、 重构算法精度低和重构速度极其缓慢等问题。针对以上问题，本文详细介绍了电子断层三维重构的发展和 现状，分析了当前所面临的主要挑战问题，着重介绍了我们在电子断层三维重构相关研究工作上的进展。 关键词：电子断层 三维重构 对位算法 迭代算法 并行计算 GPU 1 引言 1 v 结构生物学是研究生物大分子特定三维结构及结构的特定运动、结构相关生物学功能的 1 一门学科，其起源可追溯到上世纪 50 年代沃森（J. Waston ）和克里克（F. Crick ）发现DNA 2 双螺旋结构，60 年代佩鲁茨(M. Perutz)利用X 射线晶体衍射技术获得肌球蛋白的三维结构[1] 。 2 0 现在结构生物学在分子生物学研究中占据了主流地位，已成为药物设计、疫苗开发等研究的 0 基础。 . 3 0 众所周知，蛋白质是生命活动的体现者之一，对蛋白质三维结构的研究一直是结构生物 7 学的主要研究内容。目前 X 射线晶体衍射技术、核磁共振技术和电镜三维重构技术是结构 1 0 生物学的三大研究手段。其中 X 射线晶体衍射技术是目前分辨率最高的结构测定方法，可 2 以获得生物分子的原子分辨率三维结构，但是生物大分子的晶体难以获得，结构解析极其困 : v 难；核磁共振技术可以获得蛋白质在溶液中的三维结构，能够获得蛋白质的动态变化信息， i X 但是其研究对象的分子量通常难以超过 20kD ，因此这两种方法，极大限制了人类对蛋白质 a 功能以及生命活动规律的认识。随着生物样品制备技术的不断完善，电子显微镜设备的进步 n 以及数字图像处理技术的发展，电镜三维重构技术，特别是冷冻电镜三维重构技术，能够解 i h 析那些无法应用 X 射线晶体衍射和核磁共振技术进行分析的蛋白质，弥补这两种技术的不 c 足，已成为研究生物大分子三维结构的重要手段。萨利（A. Sali ）等在《Nature 》提出了今 后结构生物学研究的发展方向，即将包括 X 射线晶体衍射、核磁共振、冷冻电镜三维重构、 荧光能量共振等多种生物物理技术联合起来，在分子水平上理解细胞的结构，其中冷冻电镜 三维重构技术起到了重要的纽带作用[2] 。 电镜三维重构技术的思想最早由德罗西耶（D. DeRosier ）和克卢格（A. Klug ）在 1968 年提出。上世纪 80 年代，快速冷冻生物样品的制备技术和低温电子显微镜技术的快速发展 与实用化，为利用电镜三维重构技术研究蛋白质三维结构奠定了基础。当前，利用电镜三维 重构技术解析蛋白质超分子复合物的结构已分化发展为三种具有不同特点和适用范围的方 法：电子晶体学（Electron Crystallography ）、单颗粒三维重构（Single Particle）和电子断层 三维重构（Electron Tomography，ET ）。其中，电子晶体学主要用于解析蛋白质分子的二维 晶体样品；单颗粒三维重构，主要解析具有全同性的蛋白质分子的三维结构，最新研究成果