基于桤木属转录组测序SSR分子标记开发.PDFVIP

林业科学研究　２０１６，２９（６）：８７５ ８８２ ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ 　　文章编号：１００１１４９８（２０１６）０６０８７５０８ 基于桤木属转录组测序的ＳＳＲ分子标记的开发 １ １ ２ ３ １ 饶龙兵 ，杨汉波 ，郭洪英 ，段红平 ，陈益泰 （１．中国林业科学研究院亚热带林业研究所，浙江 杭州　３１１４００；２．四川省林业科学研究院，四川 成都　６１００８１； ３．云南农业大学资源与环境学院，云南 昆明　６５０２０１） 摘要：［目的］基于转录组数据开发适用于桤木属树种的ＳＳＲ标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为桤 木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。［方法］利用ＭｉｃｒｏＳＡｔｅｌｌｉｔｅ（ＭＩＳＡ）软件对所有转录组序列进行ＳＳＲｓ搜 索，并对ＳＳＲ位点的数量、分布特征进行统计分析。设计１００对ＳＳＲ引物，采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离 检测方法对３种不同倍性桤木属植物（１２份材料）进行遗传多样性检测，确定引物多态性及通用性。［结果］８５７６９ 条Ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列中发现８６７８个ＳＳＲ位点，分布在８２９８条 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ中发生频率为９．６７％，转录组序列中平均每 １４．０４ｋｂ长度就有一个ＳＳＲ位点分布。其中，二核苷酸重复类型数量最多，占６５．８７％。根据转录组Ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列， 利用Ｐｒｉｍｅｒ３软件共设计出４５３１对符合要求的引物，挑选出的１００对ＳＳＲ引物中，获得１８对多态性高、稳定性好 的ＳＳＲ引物。［结论］本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序 列的ＳＳＲ标记开发是可行的，开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提 供了丰富的候选分子标记。 关键词：桤木属；转录组；ＳＳＲ；引物 中图分类号：Ｓ７１８４６ 文献标识码：Ａ ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＳＳＲＭｏｌｅｃｕｌａｒＭａｒｋｅｒｓＢａｓｅｄｏｎ ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅＳｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆＡｌｎｕｓ １ １ ２ ３ １ ＲＡＯＬｏｎｇｂｉｎｇ，ＹＡＮＧＨａｎｂｏ，ＧＵＯＨｏｎｇｙｉｎｇ，ＤＵＡＮＨｏｎｇｐｉｎｇ，ＣＨＥＮＹｉｔａｉ （１．ＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＳｕｂｔｒｏｐｉｃａｌＦｏｒｅｓｔｒｙ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，Ｈａｎｇｚｈｏｕ　３１１４００，Ｚｈｅｊｉａｎｇ，Ｃｈｉｎａ；２．ＳｉｃｈｕａｎＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ， Ｃｈｅｎｇｄｕ　６１００８１，Ｓｉｃｈｕａｎ，Ｃｈｉｎａ；３．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＲｅｓｏｕｒｃｅｓａｎｄＥｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，ＹｕｎｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｋｕｎｍｉｎｇ　６５０２０１，Ｙｕｎｎａｎ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］ＴｏｄｅｖｅｌｏｐＳＳＲｍａｒｋｅｒｓｏｆｇｅｎｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌａｒｅａｓｆｒｏｍＡｌｎｕｓｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．［Ｍｅｔｈｏｄｓ］Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｐａｔｔｅｒｎｓｏｆｔｈｅｍａｒｋｅｒｓｉｎｔｈｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｎｄｔｈｅｉｒ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄ，ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｐｒｏｖｉｄｅｍｏｒｅｐｏｗｅｒｆｕｌｔｏｏｌｓｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒａｓｓｉｓｔｅｄｂｒｅｅｄｉｎｇＡｌｎｕｓ． ＴｈｅＳＳＲｌｏｃｕｓｆｒｏｍｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅｓｅａｒｃｈｅｄｂｙＭｉｃｒｏＳＡｔｅｌｌｉｔｅ（ＭＩＳＡ），ａｎｄｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌａｎａｌｙｓｅｓｗｅｒｅ ｃｏｎｄｕｃｔｅｄｆｏｒｔｈｅａｍｏｕｎｔ，ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎａｎｄｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆＳＳＲｌｏｃｉ．１００ｐａｉｒｓｏｆＳＳＲ