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蕨类植物门按秦仁昌系统排列各科。
蕨类植物门 Pteridophyta
松叶蕨亚门 Psilophytina
松叶蕨目 Psilotales
01. 松叶蕨科 Psilotaceae
石松亚门 Lycophytina
石松目 Lycopodiales
02. 石杉科 Huperziaceae
03. 石松科 Lycopodiaceae
卷柏目 Selaginellales
04. 卷柏科 Selaginellaceae
水韭亚门 Isoephytina
水韭目 Isoetales
05. 水韭科 Isoetaceae
楔叶亚门 Sphenophytina
木贼目 Equisetales
06. 木贼科 Equisetaceae
真蕨亚门 Filicophytina
厚囊蕨纲 Eusporangiopsida
瓶尔小草目 Ophioglossales
07. 七指蕨科 Helminthostachyaceae
08. 阴地蕨科 Botrychiaceae
09. 瓶尔小草科(箭蕨科) Ophioglossaceae
莲座蕨目 Marattiales
10. 合囊蕨科 Marattiaceae
11. 莲座蕨科 Angiopteridaceae
12. 天星蕨科 Christenseniaceae
原始薄囊蕨纲 Protoleptosporangiopsida
紫萁目 Osmundales
13. 紫萁科 Osmundaceae
薄囊蕨纲 Leptosporangiopsida
水龙骨目(真蕨目) Polypodiales(Filicales)
14. 瘤足蕨科 Plagiogyriaceae
15. 里白科 Gleicheniaceae
16. 莎草蕨科 Schizaeaceae
17. 海金沙科 Lygodiaceae
18. 膜蕨科 Hymenophyllaceae
19. 蚌壳蕨科 Dicksoniaceae
20. 桫椤科 Cyatheaceae
21. 稀子蕨科 Monachosoraceae
22. 碗蕨科 Dennstaedtiaceae
23. 鳞始蕨科 Lindsaeaceae
24. 竹叶蕨科 Taenitidaceae
25. 姬蕨科 Hypolepidaceae
26. 蕨科 Pteridiaceae
27. 凤尾蕨科 Pteridaceae
28. 卤蕨科 Acrostichaceae
29. 光叶藤蕨科 Stenochlaenaceae
30. 中国蕨科 Sinopteridaceae
31. 铁线蕨科 Adiantaceae
32. 裸子蕨科 Hemionitidaceae
33. 水蕨科 Parkeriaceae(Ceratopteridaceae)
34. 车前蕨科 Antrophyaceae
35. 书带蕨科 Vittariaceae
36. 蹄盖蕨科 Athyriaceae
37. 肿足蕨科 Hypodematiaceae
38. 金星蕨科 Thelypteridaceae
39. 铁角蕨科 Aspleniaceae
40. 睫毛蕨科 Pleurosoriopsidaceae
41. 球子蕨科 Onocleaceae
42. 岩蕨科 Woodsiaceae
43. 乌毛蕨科 Blechnaceae
44. 球盖蕨科 Peranemaceae
45. 鳞毛蕨科 Dryopteridaceae
46. 叉蕨科 Aspidiaceae
47. 实蕨科 Bolbitidaceae
48. 藤蕨科 Lomariopsidaceae
49. 舌蕨科 Elaphoglossaceae
50. 肾蕨科 Nephrolepidaceae
51. 条蕨科 Oleandraceae
52. 骨碎补科 Davalliaceae
53. 雨蕨科 Gymnogrammitidaceae
54. 双扇蕨科 Dipteridaceae
55. 燕尾蕨科 Cheiropleuriaceae
56. 水龙骨科 Polypodiaceae
57. 槲蕨科 Drynariaceae
58. 鹿角蕨科 Platyceriaceae
59. 禾叶蕨科 Grammitidaceae
60. 剑蕨科 Loxogrammaceae
苹目 Marsileales
61. 苹科 Marsileaceae
槐叶苹目 Salviniales
62. 槐叶苹科 Salviniaceae
63. 满江红科 Azollaceae
裸子植物门按中国植物志第7卷系统排列各科。
裸子植物门 Gymnospermae
苏铁纲 Cycadopsida
苏铁目 Cycadales
一. 苏铁科 Cycadaceae
银杏纲 Ginkgopsida
银杏目 Ginkg
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