第三章序列比对.pptVIP

gi|224983683|pdb|3GBN|B Chain B, Crystal Structure Of Fab Cr6261 In Complex With The 1918 H1n1 Influenza Virus Hemagglutinin GLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAIDGITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNNLERRIENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVRNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDDACMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREEIDGVSGR 多结构域蛋白 (H1N1) 的BLAST检索 H1N1聚合酶序列 BLAST结果综述 BLAST结果表述 Bl2Seq双序列比对举例 特殊BLAST 蛋白质序列比对用blastp，DNA序列比对用blastn 例：拟南芥和菠菜的抗坏血酸过氧化物酶基因的两两比对 粘贴sequence1 粘贴sequence2 竖线：一致性(identities) 缺口(gap)：不同之处 Cluster家族（ClusterW） 第六节 多序列比对的常用工具 将要比对的多个序列以Fasta格式保存 以多个物种的抗坏血酸过氧化物酶的的蛋白质序列进行比对为例 载入多个序列后，选择输出选项，选择输出格式。或者在比对完成之后，在“文件”中选择“序列另存为”，同样可以选择合适的输出格式。 选择“进行完全比对”，输出的文件路径自动与原始的序列文件的路径一致。 Clustal比对结果 星号：完全一致 峰：表示一致程度高 谷：表示一致程度低 Cluster可进行双序列比对 第七节 全基因组比对 UCSC genome browser Ensembl genome browser The end * * * * 如果要在DNA序列比对和对应编码的蛋白质序列比对之间选择，通常是比较蛋白质序列更有用。 因为DNA序列的许多改变不会改变对应的氨基酸；而且许多氨基酸有相似的生物物理性质。 人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用《生物信息学》 第三章 序列比对 第一节 引言 双序列比对的目的： 同源物鉴定，功能预测 基本假设： 1）所有的生物都起源于同一个祖先 （物种间序列存在同 源关系，同源序列功能往往是相似的） 2）序列不是随机产生，而是在进化上不断发生着演变（同源的序列存在高度相似性） 3）序列的相似性可以判断 序列的同源性，进而可以利用 同源物功能的相似性 来进行推断 序列比对的分类：双序列比对，多序列比对 多序列的目的：用于比较基因组研究1） 用于描述一组序列（基因家族）之间的 相似性关系， 以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。2） 可构建HMM模型，搜索更多的同源序列，Pfam，prints，prosite，interPro等3） 分析结构用于构建进化树 如果两个序列有一个共同的进化祖先，那么它们是同源的。这里不存在同源性的程度问题。这两条序列之间要么是同源的，要么是不同源的 同源性（homology） 第二节 序列比对的基本概念 相似性 （similarity） 相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。 当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列和目标序列可能是同源序列；而当相似性程度低于20%时，就难以确定是否具有同源性。 直系同源和旁系同源 直系同源（orthology）是指不同物种内的同源序列，它们来源于物种形成时的共同祖先基因。 旁系同源（paralogy）是指同一物种中，由于基因的复制而产生的几个同源基因。 直系同源和旁系同源的图示： 1）编辑距离：两条序列对应位置上不同字符的个数 2）相似性得分：两条序列对应位置上相同字符的个数 相似分数越高，序列越相似，编辑距离越小，序列越相似 两条序列长度不一致时：空格（Gap） 相似性分数的计算 编辑距离（edit distance) 相似性得分 打分规则就是后面的打分矩阵 第三节 打分矩阵（替换记分矩阵） 插入和缺失突变：序列比对采用空格（Gap）来处理 替换突变：替换计分矩阵即打分矩阵 （1）核酸打分矩阵设DNA序列所用的字母表为 ? = { A，C，G，T } a. 等价矩阵 (unitary matrix) b. BLAST矩阵 c. 转换-颠换矩阵（transition-transversion matrix） （嘌呤：腺嘌呤A，