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个性化个性化分析说明文档分析说明文档 个性化个性化分析说明文档分析说明文档 Ver.Ver.1.01.0ss VVer.er.1.01.0ss 1. 共线性分析共线性分析 （氨基酸（氨基酸）：）： 共线性分析共线性分析 （（氨基酸氨基酸）：）： 从氨基酸水平上分析测序基因组与参考基因组之间，由重组，转座等机制导 致的遗传基因座位变化情况。 共线性分析共线性分析 （核苷酸（核苷酸）：）： 共线性分析共线性分析 （（核苷酸核苷酸）：）： 从核苷酸水平上分析测序基因组与参考基因组之间，由重组，转座等机制导 致的遗传基因座位变化情况，与氨基酸水平相比，核苷酸水平的共线性分析 能够显示能加序列的插入、缺失等信息。 适用范围适用范围：： 适用范围适用范围：： 通过共线性分析可以获得物种间基因组在进化过程中所发生结构性变异情况， 比如具有类似功能的基因簇在不同物中位置的变化等。共线性的高低在一定 程度上反映物种进化过程中的亲缘关系，共线性越高亲缘关系越近。 参考文献: Passarge, E., B. Horsthemke R. A. Farber (1999). Incorrect use of the term synteny. Nature Genetics 23 (4): 387. 2. 基因家族分析基因家族分析：： 基因家族分析基因家族分析：： 基因家族中的成员具有相似的功能，它们可能来自同一个基因的复制 （旁系 同源），也可能来自同一个基因的进化 （直系同源），当这些来源相同基因 紧密排列在染色体某一区域时，就形成基因簇，但是通常家族成员都是散布 在基因组中，比如人血红蛋白基因家族，共 10 个基因呈 2 个簇各分布在不同 的染色体中。 适用范围适用范围：： 适用范围适用范围：： 新的基因家族来自于生物的进化过程，因此，通过与系统进化发育结合分析， 基因家族可以用来衡量生物进化的历史，基因功能的分化等；同时，因为基 因家族成员功能的相似性，其可以用来预测未知蛋白的功能。 参考文献： Demuth JP, Bie TD, Stajich JE, Cristianini N, Hahn MW, 2006 The Evolution of Mammalian Gene Families. PLoS ONE 1(1): e85. 3. 变异分析变异分析 变异分析变异分析 SNP：： ：： 通过与参考基因组比对，获得单个碱基变异，常用作进化发育分析中的分子 钟或是辅助育种中的分子标记； Indel ：： ：： 通过与参考基因组比对，获得基因组内小范围 （ 10 bp ）的结构变异，常用 作进化发育分析中的分子钟或是分子辅助育种中的分子标记； 水平基因转移水平基因转移 （（HGT ）：）： 水平基因转移水平基因转移 （（ ）：）： 某些基因会通过噬菌体，质粒、病毒等方式在不同群体间跳跃或复制，从而 导致某群体出现非常规的特质，通过HGT 分析可以直观看到这种现象造成的 结果。 适用范围适用范围：： 适用范围适用范围：： 通过分析基因在种群间出现的情况，HGT 可以用来预测物种内特殊功能基因 岛的产生及可能功能，比如毒力岛，GC 岛，耐药岛等；同时，HGT 也与前 噬菌体的形成有关，可用来对前噬菌体进行初步预测；HGT 引起物种间遗传 信息的交流，因此，其与系统发育分析结合可以用来研究物种的进化关系。 参考文献： Yoshida, Satoko; Maruyama, Shinichiro; Nozaki, Hisayoshi; Shirasu, Ken (28 May 2010). Horizontal Gene Transfer by the Par