结构生物学8.ppt

蛋白质的结构层次 蛋白质的一级结构 蛋白质的二级结构 蛋白质的超二级结构与折叠子 结构域和蛋白质的三级结构 蛋白质的四级结构 蛋白质的超二级结构与折叠子 超二级结构（supersecondary structure）与折叠子（fold）可以看成是介于二级结构和结构域之间的两个结构层次 超二级结构：两个或多个二级结构单元被连接多肽连接起来，进一步组合成有特殊的几何排列的局部空间结构，称为超二级结构（supersecondary structure），又称为模体（motif）。 折叠子：蛋白质分子中主要二级结构单元的空间排布和拓扑连接方式，称为折叠子。折叠子反映了蛋白质核心结构的拓扑结构模式，具有相同折叠子的不同蛋白质，其分子表面的二级结构单元通常具有不同的大小和构象。 超二级结构 简单的超二级结构 aa a 发夹（a hairpin） a 拐角（a corner） bb b 发夹 bab a发夹 a 拐角 DNA结合模体——helix-turn-helix Ca结合模体——EF手形 b 发夹 b-a-b motif 复杂超二级结构 4 螺旋束 Rossman折叠 希腊钥匙 锌指（Zn-finger） 亮氨酸拉链 4 螺旋束 相邻两个a螺旋之间成发夹连接 两亲性螺旋：一面亲脂，一面亲水，产生一个疏水核心 Rossman折叠 Rossman折叠：b-a-b-a-b motif 希腊钥匙模体 希腊钥匙模体 锌指（Zn-finger） 亮氨酸拉链 折叠子（fold） 折叠子是对蛋白质结构核心（core）的一种基本描素 每个折叠子的结构内核有确定的结构特征 分子表面的二级结构和转折区的大小、长短以及构象可能不同，甚至这些不同的结构占到分子结构的一半甚至更多，但这些蛋白质仍被称为具有相同的折叠子。 折叠子（fold） 每个折叠子包含一个或多个蛋白质超家族（superfamily） 估计自然界中总共存在的折叠模式约650个，蛋白质超家族约1150个。 结构域和蛋白质的三级结构 如果蛋白质只包含一个结构域，则结构域与三级结构是同一个结构层次 一个大的蛋白质可以包含多个结构域，由多个重复的结构域构成的蛋白质称为嵌合体蛋白（mosaic protein） 结构域（domain） 结构域的概念 在一个多肽链分子内，邻近的肽链常常折叠成紧密的相对独立的结构实体，它们有一定的三级结构，而且往往还具有特定的、但还不完全的生物活性。 免疫球蛋白IgG的结构域 结构域 结构域与模块（module） 模块是残基数较少的、结构独立性不明显的结构域 结构域的特点 一般的结构域包括100~200个连续的残基 结构域内部比较紧密，结构域之间的连接比较松散，可以发生相对运动 有的结构域可以用蛋白水解酶拆分 相当多的结构域具有局部的但不完全的生物学功能 结构域的功能 作为一个模式结构来参与蛋白质分子的装配 结构域之间具有一定的灵活性，对于底物的结合、变构控制和巨大结构的装配有决定作用 结构域 结构域的类型 反平行a 平行a/b 反平行b 平行b 不规则的小结构 反平行a结构 升降螺旋束（捆）up-and-down helix bundle 珠蛋白折叠子（globin fold）（希腊钥匙螺旋束 Greek key helix bundle） 线绕式a螺旋（coiled-coil a helix） 复杂螺旋组合 升降螺旋束（捆）（up-and-down helix bundle） 相邻两个a螺旋之间成发夹连接 两亲性螺旋：一面亲脂，一面亲水，产生一个疏水核心 珠蛋白折叠子（globin fold）（希腊钥匙螺旋束 Greek key helix bundle） 高度保守的结构 线绕式a螺旋（coiled-coil a helix） Crick预测的纤维蛋白的结构 两条a螺旋形成超螺旋 螺旋周期从3.6残基/圈缩短为3.5残基/圈 每7个残基的周期重复：七肽重复(a/k/a亮氨酸拉链) 梯子状结构 每个横档处交替出现疏水残基：d与d’堆积，a与a’堆积 七肽重复在蛋白质中是明显的 转录因子，尤其是GCN4和b-zip家族 可以用一些寻找周期性亮氨酸的计算机程序来识别 线绕式a螺旋中疏水侧链的堆积 复杂螺旋组合 平行a/b结构 单绕平行b桶（TIM 桶）(single wound parallel b barrel) 双绕平行b片层（double wound parallel b sheet） 马蹄式折叠（horseshoe fold） a/b结构中b-a-b 模体的两种组合方式 单绕平行b桶（TIM 桶） 平行b 片层构成封闭的桶板，a螺旋位于桶的外面 大多数TIM桶包含8股b折叠链 所有a/b 桶状结构中的活性位置 双绕平行b片层 开放式扭曲b