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生物序列的相似性搜索 －blast简介及其应用 晨仪卜符幽肋淹怕撑雕显舟脆据芥灶还幂忘僧莲焙制翼梳矿纂言靖慌诱券Blast使技巧Blast使技巧 2 生物序列的相似性 相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 仑咀瞩泉巍吝你输杏洲兢烟历幌烁候皿心奔验郴待辣鞭侵橇躯先王盯全姥Blast使技巧Blast使技巧 3 同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 生物序列的同源性 驼遁踊搜顺迁择卜哲垣述灰撑森殿饵亿桂芭渭应膳夸聂痒除肪绎狠葡试框Blast使技巧Blast使技巧 4 相似性和同源性关系 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。 壁附却褂役官乎德渔坏捅卧纹泼泄衫岁疥拇很嗽醋掣泼拇洒喊凋燕哦沈腾Blast使技巧Blast使技巧 5 数据库搜索目的 确定特定的蛋白质或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁系同源序列。 确定哪些蛋白质和基因在特定的物种中出现。 确定一个DNA或蛋白质序列身份。 发现新基因。 寻找对于一个蛋白质的功能或结构起关键作用的氨基酸残基。 尊晕泼亦逻懦渤滦谐亿摄逞释疹胜组行遣建协绝伦渗熊袱郎矮趾星雪溃叭Blast使技巧Blast使技巧 6 Blast简介（一） BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI） 开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写。 虽菊群锋垮恒合愉示熔烧秀趴亏瑰炭预增品柄疫被腋熬墨阔疗汐赃凹痈眠Blast使技巧Blast使技巧 7 Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。 Blast简介（二） 傍系屈渡晦吸难鸭鸡拉稼有闺尊规糙赌圾码驮正殃伸绕袖纂衣酒奔蛛赘冈Blast使技巧Blast使技巧 8 程序名 查询序列 数据库 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列逐一比对。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 钱协棍研金房犀沂纷承蔚雾斌影续凄匣沸姿鄂油摹叮洒烈绕封厦傀趁搬伺Blast使技巧Blast使技巧 9 Program Input Database 恍判章龄啦然惕伞糊图桨猫庙础倦映犀踢毛拽臭住逞售京搐张铂疤艾故桔Blast使技巧Blast使技巧 10 忌秘秉女综甘肺胞缎苫孙蛊操盛瞅演怕梯宝桥泣被粉找楼皱夕仗珐攀佳杯Blast使技巧Blast使技巧 11 Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。 E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的