10章 组学究技术.ppt

蛤葛辖卯恫柜汲恕泣郧钱弧耻崎袋娱践沁拆厢恒积丰乘豢挛眷力拼委湾背10章 组学究技术10章 组学究技术;物理图谱 基因转录图谱 基因组功能分析技术 生物信息学技术;物理图谱; 物理图谱（physical map） 测定DNA分子， 绘制构成基因组的全部基因的排列和间距。 即直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组的实际位置。 目的 把基因的遗传信息 在染色体上的相对位置 线性而系统地排列出来 ;染色体上每个DNA片段的顺序 以已知核苷酸序列的DNA片段（STS）为“路标”，以碱基对（bp，kb，Mb）作为基本测量单位（图距）的基因组图。 ; 物理图的距离 依作图方法而异 ★ 辐射杂种作图的计算单位为厘镭(cR) ★ 限制性片段作图与克隆作图 图距单位为碱基对(bp)。 ; 物理图谱要素 序列 位置 长的序列中 ▲ 物理图：标明各个序列的路标 ▲ 通过分子杂交的办法 利用DNA双链互补特点 一个DNA片段杂交在这个位置 说明这个位置的结构与它相似~即这个位置的标记 以序列作为标记的位置 ;; 物理作图的方法 ★ 限制酶作图 (Restriction Mapping) ★ 基于克隆的基因组作图(clone-based mapping) ★ 荧光原位杂交 (Fish, Fluorescent in situ hybridization) ★ 序标位作图 (STS，Sequence taged site); 物理图谱的意义 获得分布于整个基因组的30000个序列标签位点（sequence tagged site,STS），使基因组每隔100kb距离就有一个标记 在此基础上构建覆盖每条染色体的大片段DNA克隆 如：;● 酵母人工染色体 （yeast artificial chromosome,YAC） ● 细菌人工染色体 （bacterial artificial chromosome,BAC） ● 人工附加染色体 （human artificial episomal chromosome,HAEC） ● 人工噬菌体染色体 （P1 bacteriophage artificial chromosome,PAC） 等连续克隆(Contig); 限制酶作图 ; DNA是很大的分子，限制酶产生用于测序反应的DNA片段只是其中的极小部分，这些片段在DNA链中所处的位置关系~即DNA物理图谱解决的问题;限制性作图 ▼ 将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置 只能应用于较小的DNA分子 ▼ 上限取决于作图分子中限制酶位点的频率 ▼ 采用6碱基对识别顺序的限制酶 适合﹤50KbDNA分子的精确作图; 基本原理 ;孜惕剪波缓狞状乔语淬巫绵惋市帝并翻匆牵惟甩男俩暖届侣幅汕挨蓖乖诌10章 组学究技术10章 组学究技术;（1）完全降解 ;同位素标记; 末端标记待测DNA的一条链 (同位素) 酶部分降解 控制反应条件使DNA链上酶切口随机断裂 避免所有切口断裂的完全降解 电泳分离→ →自显影 比较自显影图谱 根据片段大小及彼此间的差异 排出酶切片段在DNA链上的位置 ;; 完整的物理图谱应包括 基因组的不同载体DNA克隆片段重叠群图 大片段限制性内切酶切点图 DNA片段或一特异DNA序列（STS）的路标图 基因组中广泛存在的特征型序列等的标记图 （如CpG序列、Alu序列，isochore） 【具有mosaic结构,称为isochore。即基因组是由一些较长的大片段（平均长度300 Kb）组成, GC含量相对均匀,而在这些大片段的两端GC含量是跃变的,而不是渐变