计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库与工具.pdf

一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具 这是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，这类网站是很有意义的。下 列网址于2009 年7 月8 日验证皆可用，若无法访问可尝试代 理。前面有√的代表比较重要。很多在 线工具需要 java 运行环境。如果有其它好的免费的化学相关的在线的库或工具欢迎回帖补充，我也 会在日后逐渐补充。 1 在线信息数据库部分 √ SDBS 光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi 简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。 含3 万余个化合物，其中以 商业化学试剂为主，约2/3 是6 碳至16 碳的化合物。数据大部分是其自 行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS 注册号、 元素组成、光谱 峰值位置/强度方式搜索。 生物核磁共振数据库：tein.osaka-u.ac.jp/deposit CRYSTAL 程序基组数据库：http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html √ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)： 简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验 数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。 √ 量化频率计算校正因子：/vibscale.asp 简介：实际上就是CCCBDB 的一个子页面，比较重要故单独列出。 IUPAC 金属络合物稳定常数数据库：http://www.acadsoft.co.uk 注：需要付费，可免费下载试用版。 √ NIST 化学数据库：/chemistry 简介：是美国国家标准与技术研究院NIST 的基于Web 的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分 子量、CAS 登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D 结构。 RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：/REDDB/index.php 简介：分子的RESP 电荷的数据库 Uppsala Electron Density Server：http://eds.bmc.uu.se/eds 简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID （比如1cbs）进入后可以对各种内 容做图。点击EDS Summary 下面的Go 按钮可以自动启动基于java 的电子密度图可视化程序观看电 子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。 √ 上海有机所化学专业数据库：34/scdb/default.htm 简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物 活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。 √ EMSL 基组数据库：/bse/portal Clarkson 大学相对论有效势数据库：/~pac/reps.html 含重原子全电子STO 基组数据库：/Downloads/zorabasis/Welcome.html 原子间势参数数据库：http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials Stuttgart 赝势参数数据库：http://www.theochem.uni-stuttgar ... ls/clickpse.en.html ChemBioFinder：http://chembiofinder.cambridgeso ... r/SimpleSearch.aspx 简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI 字符串、分子量等简单信息。 Sigma-Aldrich 公司产品数据库：/Area ... /United_States.html 简介：主要用来获得化合物IR、NMR 谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如 果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR 字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可 以获得化合物的一些物性数据，但不全面。 基本物理常数数据库：/cuu/Constants/index.html 简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree-eV 百奥知识数据库：/html/sites/database/index.htm 简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。 =========