MaterialsStudio教程讲解.PDF

创腾科技有限公司 Materials Studio 教程 初级操作教程 创腾科技有限公司 MS 产品技术部 Copyright ©2013, Neotrident Technology Ltd. All rights reserved 1 创腾科技有限公司 1. Materials Visualizer 的使用 1.1 管理Project 当你在进行各种分子模拟工作的时候，Materials Studio 软件会生成具有不同文件名以及 不同后缀的文档。为使这些文档的管理工作变得更简单，Materials Visualizer 有一个叫做 Project Explorer 的文件管理器，它与一些高级程序语言包如VC++ 的文档管理系统相似，你 可以藉由这个管理器生成自己的文件夹和文档，并订制文档组织以帮助你纪录所做的工作。 1.1.1 Project 的细目分类 本节以一个Project 为例，只用于示范目的，不牵涉到任何要完成的工作。在这个例子 中，一个m-二甲苯已经被导入并进行了最小化，然后执行了动力学运算并对其进行了分析。 现在对其进行细分来反映每一步在Project 管理中的变化。 a) 输入m-二甲苯 b) 结构优化后，一个m-xylene Forcite Geomopt 文件夹出现。最小化后的结构被放到 了此文件夹下( 以蓝色高亮显示) 。m-xylene.txt 文档包含了Forcite plus 计算中的信 息 c) 执行完动力学计算后，数据被放置到m-xylene Forcite Dynamics 文件夹下， m-xylene.xtd 是轨迹文档，包含了动力学模拟情况。 2 创腾科技有限公司 这是一个标准计算的布局图。每一个新的计算都基于前一个计算的结果，新的子文件夹 将加入到文件树中。这就允许你按照文件树来查询试验路径。 1.1.2 使用自动保存 MS Modeling 中有自动保存功能，会在指定的时间间隔内将文档的变化自动保存到硬盘 上。如果你需要在一定时间内自动保存文件，那么请确定该选项被打开，如果必须的话，请 设定两次更新之间的时间间隔。 从Tools 菜单中选择Options... 。在General 栏中，确保Enable AutoSave 被选中，且时 间间隔为10 分钟。 如果MS Modeling 被意外关闭，例如断电或者计算机重起，而在此之间你有一次机会 保存工作，那么在重起之后就会有机会恢复当前Project 最后一次自动保存时的文档。 注意：恢复的选项只有一次，如果拒绝恢复自动保存文件，那么这些硬盘上的信息就会被删 除。此外，你可以通过在Folder Locations 栏中指定位置来手动恢复自动保存的文档。在 Options 中选择Folder Locations 。检查AutoSave 文件夹的默认位置。 1.1.3 输入模型 下一步是输入一个模型，以查看它会出现在Project Explorer 的哪一个层次上。 输入文件后，会出现扩展名为.xsd 的文件，其位置在Project Explorer 中junior 图标下的 第一层。如果你没有看到扩展名，那么请在Windows 文件浏览器的文件夹选项部分取消“隐 藏文件扩展名”一项前的勾。 3 创腾科技有限公司 1.1.4 产生表格文档 生成一些文档进行处理。这可以通过运行粉末图案计算来快速完成。在这里不需要进行 分析，因为我们的目的只是为了查看文档操纵。粉末衍射通过Reflex 模块来实现。可以通 过Modules 菜单或者Modules 工具栏访问该模块。 从Modules 工具栏或者Modules 菜单选择Reflex 工具，然后选