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LncRNA芯片服务手册
汉恒生物技术服务手册
400 092 0065
目录
1 芯片规格
2 芯片特点
3 lncRNA来源
4 lncRNA研究策略
5 lncRNA芯片数据分析策略
6 lncRNA芯片结果验证
400 092 0065
长链非编码RNA(Long noncoding RNAs，lncRNAs)是
一类长度超过200nt，无或少有蛋白编码能力的RNA转录
本，在大部分真核生物基因组多由RNA聚合酶II转录。
LncRNA的表达具有组织特异性，既参与表观遗传、可变
剪接、入核转运等过程，也能以细胞微结构原件、小RNA
前体等发挥功能，且其转录和功能失调可能参与疾病的
发生。因此，对lncRNA生物学功能及其与疾病关系的深
入研究可为临床提供新的思路和应对策略。
1 芯片规格
芯片名称 物种 格式 非冗余探针统计
hanbio Human 人 4*180K lncRNA 46506条+mRNA
lncRNA 芯片 30656条
2 芯片特点
该款芯片覆盖了众多数据库最新lncRNA，是目前涵盖lncRNA
序列最全面的一款产品，同时也包含美国国家生物技术信息中心
RefSeq 基因数据库中最新mRNA，可在一张芯片上同时对lncRNA
和mRNA进行检测，挖掘二者之间的关联。
该款芯片利用Agilent SurePrint专利技术合成60mer的长寡
核苷酸探针，具有超过五个数量级的检测动态范围和极高的灵敏
度，可同时检测样本中的低表达和高表达转录本。对于每个
lncRNA探针至少重复3次，保证了实验的检测可靠度。
400 092 0065
3 lncRNA来源
1）agilent_ncRNA
/earray/
我们沿用安捷伦SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K
v2 版中的非编码RNA 18015条，该款芯片中的非编码RNA来自博
德研究所。
数据收集时间：2012年7月
2）lncRNAdb
/
该数据库的lncRNA来自发表的文献，我们的芯片收录了该数据库
45条lncRNA序列。
数据收集时间：2012年6月
3）Gencode V13
/
该数据库收录了包括UTR数据在内的人类转录本数据，还加入了
计算机和试验输入及验证数据。我们的芯片收录了该数据库8227
条lncRNA序列。
数据收集时间：2012年8月
4）H-invDB
http://h-invitational.jp/hinv/
该数据库是由日本生物信息研究中心(JBIRC)建立并由它和日本
DNA数据库共同维护的关于人类基因的数据库，我们的芯片收录
了该数据库1984条lncRNA序列。
数据收集时间：2012年5月
5）NONCODE V3
/NONCODERv3/guide.htm
该数据库是中国科学院计算技
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