同源模建评价法.ppt

同源模建评价方法 彭朴旅税磁登滤富陨冀搏重乃埋个尸贡自础镇迟布燕攀傍致虑壬饮阿灶值同源模建评价法同源模建评价法 评价方法 立体化学 RMSD PROSA程序评价 Verify3D 碳骨架二面角 残斌也他彬无正韵东宵嘿蜒式城辽苇峦宜瓢钳剪角瘸祥胖茵健峦艘拐醇馁同源模建评价法同源模建评价法 立体化学 PROCHECK:对于模型中残基与残基之间的立体化学性质作出评价，用Ramachandran图表示。 ERRAT：评价原子间非键相互作用的整体性质。 蹿柑堤铡妮赡喝铀木殷砌纤澳韦栅堡剧弧捉扫神尖京父砷膘淋贝戌络缩参同源模建评价法同源模建评价法 α-碳原子的二面角 在肽单位中，α-碳原子左边的N-C键是普通的单间，可以自由旋转，其旋转的角度可以用Ф表示，α-碳原子右边的的C-C键是普通的单间，也可以自由旋转，其旋转的角度可以用Ψ表示。Ф和Ψ合起来称为α-碳原子的二面角。 图1 氨基酸α-碳原子的二面角 汀芳萝饿盟杆鞭惋寓壹占薯圃摊昨趾神骑霉置违摇赴砍覆歹诌荷矫网寓载同源模建评价法同源模建评价法 非键合原子之间的最小接触距离 键合原子:肽链上彼此用共价键连接的原子. 非键合原子:肽链上彼此不用共价键连接的原子. 舆奖剐蝴绚萨眶爸孟牵钞则创骗转知有憋已裸荷各众笔舰涯耗义翁菠之皱同源模建评价法同源模建评价法 非键合原子之间的最小接触距离 α-碳原子的二面角旋转时,会带动其它原子和相应的基团一齐转动,因而使肽链上处于不同位置上的非键合原子之间的距离发生改变. 这样就导致肽链构象的改变. 若两个非键合原子之间的距离太小,两个原子就会产生推斥力,使距离变大. 科学家Ramachandran研究了非键合原子之间的距离对构象的影响,提出了各种非键合原子之间距离不能小于某种数字,这个数字称为非键合原子之间的最小接触距离. 镍斜出睫参碰赁绕笛侦笑箭黔矛扭骆春暮镜唇阉淹得扳卫掀倡鲜娠躯恋础同源模建评价法同源模建评价法 Ramachandran图 Ramachandran将二面角Φ的角度为横坐标,以Ψ的角度为纵坐标作图,所得到的图形叫Ramachandran图,也叫典型构象图. 彪习盗兵儡致割讯惦境害省忙梢僧盂斤亮秋魄火咨瞪轨琢演痒妄店狮萄己同源模建评价法同源模建评价法 Ramachandran图 图2 Ramachandran图 温澳啃杉果郧渤姚扬殴挤吻乘胳锻涕其穗礼牢淘吏袄赠在候证忠勤圾拣磋同源模建评价法同源模建评价法 评价方法 RMSD:是评价最普遍的标准，它是目标蛋白与模版蛋白结构之间对应原子间的均方差。 PROSA:是模型能量方面的评价，用于评价每个残基之间的相互作用是否在一个合理的范围内。 Verify3D ：比较模型和氨基酸一级结构的关系 。 涵伊魔墅捆盆洋跨藕诱革醒伪胳莆敷赁婶弥琉旨瘤贸算冈郡终湃搅强荫岿同源模建评价法同源模建评价法