栽培稻转录因子启动子的ECOTILLING分析.pdfVIP

论文答辩委员会人员名单 姓名 工作单位 职称 是否硕士导师 备注‘ 吴爱忠 上海市农业科学院 研究员 是 主席 李家乐 上海海洋大学生命学院 教授 是 。委员 黄剑华 上海市农业科学院生物所 研究员 、 是 委员 朱为民 上海市农业科学院园艺所 研究员 是 委员 卢永红 上海市农业科学院畜牧所 研究员 是 委员 王冬生 上海市农!比科学院生态所 研究员 是 委员 黎佳佳 上海市农业生物基因中心 秘书 地点：上海市农业科学院院机关第四会议室 时间：2010．6．12 ● ◆ 栽培稻转录因子启动子的 ECOTILLING分析 摘 要 inducedlocallesionsin 干旱TILLING(Targeting genomes，定向诱导基因组 局部突变)是一种近年来人们普遍采用的是用单核苷酸多态性筛选突变体的全新 的反向遗传学方法，可以用它来寻找自然植物群体中相关等位基因的多态性，这 对于人们鉴别和发掘自然群体中的突变体提供了巨大的潜力，而旨在发现点突变 TILLING技术则有效高质量地将诱发产生高频率点突变的化学诱变方法、简易 的PCR筛选技术和高通量琼脂糖检测方法结合起来。本实验中采用的 操作的特点于一身的优点，它不仅可以实现了单体型的快速分型，而且同时减少 了测序的浩大工作量和降低费用节省成本。在实验中的不同的泳道里我们加入由 不同个体或样本组成的混合样的PCR产物，同时确保每个泳道都混合有一个标 准样品DNA，因此在不同的泳道的相同位置出现同样的条带即被认为是相同的 单体型造成的。由于我们所采用ECOTILLING技术是用来检测自然大群体中存 ● 在的等位基因多态性的最经济快速有效低耗的方法，而且由核酸内切酶酶切带来 的不同位点信息，我们将这两者有机结合可以很容易的鉴定等位基因多态性特征 及自然群体中存在的不同单体类型，从而根据不同单体型将群体中不同基因型进 行分组，再选择代表不同单体型的基因型进行测序。本研究应用的是简易的 从而大大节省了时间和工作成本，同样的ECOTILLING技术可对等位基凶多态 性进行检测和分离。本试验参照品种也是对照组为粳稻品种日本晴，通过对95 份栽培稻品种的转录因子启动子序列进行整体扫描，然后通过关联分析获得与水 稻主要抗旱抗虫等主要农艺性状相关的等位基因。针对水稻基因组中GC含量高 ◆ 难于PCR扩增的问题，在实验中引入甜菜碱添加剂，摸索形成一套完整体系， 在成功扩增高GC含量基因同时，．不影响CELI酶发挥作用。主要结果如下： l、水稻基因组中GC含量高，易形成GC键，难于断裂，是PCR扩增难以 进行，而本实验高纯度的PCR产物是实验的基础，没有高纯度的PCR产物，即 无法进行下一步酶切反应和琼脂糖分离实验，无法得到实验所需的等位基因多态