几种非人灵长类动物末端肠道细菌多样性和潜在价值初探-博.PDFVIP

博士学位论文公示材料 学生姓名 陈秀 学号 1410525 二级学科 导师姓名 韩力 论文题目 几种非人灵长类动物末端肠道细菌多样性及潜在价值初探 论文研究方向 灵长类肠道微生物多样性和变化性及应用价值探索 论文关键词 灵长类；肠道细菌；多样性；变化性；活性；基因簇；产谷氨酸 论文摘要(中文) 哺乳动物肠道聚集着大量的肠道微生物，包括真细菌、真菌、古细菌和病毒，其中，细菌是肠道 微生物的最重要组成部分，约占99%的比例，这些微生物和宿主的健康疾病息息相关。研究宿主肠道细 菌的组成及变化，对于进一步探索肠道细菌和宿主的健康疾病起着重要作用。以往研究发现哺乳动物 的肠道细菌和宿主进化亲缘关系密切相关，而非人灵长类动物有着和人类最近的进化亲缘关系，研究 非人灵长类动物肠道细菌组成将是研究人类肠道细菌的重要参考。非人灵长类动物猕猴是很多药物实 验的模式动物，而目前缺乏比较系统的关于其肠道细菌的研究。本研究首先重点选择不同年龄、不同 健康状况、不同生长环境和喂养条件等猕猴新鲜粪便样品，并采集其他部分灵长目，食肉目和奇蹄目 动物的粪便样品作为对照，采用免培养和纯培养相结合的技术，系统揭示这些灵长类动物末端肠道细 菌的多样性，同时探索灵长类动物与其他动物和不同条件猕猴末端肠道菌群差异。然后，总体对分离 到的部分去重复菌株进行不同生物酶活性检测，获得具备各类生物活性的微生物资源。最后，对部分 菌株进行进一步潜在价值探索，包括对其中代表链霉菌株进行基因组测序，并分析其次生代谢产物合 成基因簇相关信息，以期为先导化合物药物的开发提供潜力菌株；对棒状杆菌进行产谷氨酸潜力检测， 以期为工业生产谷氨酸提供潜力菌株。 本研究总共采集了猕猴粪便样品19 份，熊猴、白眉长臂猿粪便样品各2 份，滇金丝猴、川金丝猴、 黑猩猩、食蟹猴、白颊长臂猿、环尾狐猴、黑叶猴、灰叶猴、东北虎、大熊猫、黑熊、小熊猫、狮子、 犀牛、斑马粪便样品各 1 份。首先，为了初步探索灵长类动物和其他一些动物末端肠道菌异同，通过 高通量测序检测了几种灵长目、食肉目、奇蹄目的末端肠道细菌。结果发现，这些动物末端肠道菌群 都很丰富，但食肉目动物末端肠道菌群表现出的多样性普遍较低；灵长目与其他动物末端肠道菌群差 异显著且每种动物肠道菌群不同；不同动物负责帮助同类食物消化的菌群可能不同；同类食物对不同 动物肠道菌群的影响也可能不同。为了进一步研究灵长类动物末端肠道菌群的变化性，即探索不同影 响因素对肠道菌群的影响，本次研究对不同条件下的灵长类代表动物猕猴末端肠道细菌进行了高通量 检测。结果发现，半野生环境下的猕猴较圈养猕猴肠道菌群更“健康”；母乳和牛奶喂养猕猴肠道菌群 不同，但各自应该都有相应的有益菌群；0-3 月猕猴的肠道菌群不稳定，表现出比6 月-2 岁猕猴更高 的多样性；6 月-2 岁猕猴到14 岁猕猴的末端肠道菌群多样性随着年龄的增长而增加，但是菌群组成有 所改变；腹泻猕猴表现出明显的肠道菌群失调，而瘫痪的猕猴则表现出轻微的肠道菌群失调，但多样 性明显降低；另外，在灵长类动物相近种之间其肠道菌群应该比较类似。 纯培养是进一步探索肠道微生物功能及潜在应用价值的基础，为了更多的获得肠道菌群资源，本 研究对以猕猴为主结合其他一些灵长类动物和参考的食肉目及奇蹄目动物粪便样品进行了细菌和放线 菌分离鉴定。总共分离鉴定得到了892 株菌，分布在81 个属，且其中 57 个属同时在免培养测序中检 测到，占所分离属的70%。很多样品通过直接划线培养能体现出来的区别在分离纯化后的菌株分析中反 而不能很好体现。另外结合免培养分析，分离到了一些可能为宿主有益菌群的菌株，如 Pseudomonas caeni 和 Psychrobacter faecalis。通过形态、生理生化、化学和分子各个方面对从两种灵长类动物 粪便分离到的2 株潜在新种进行了鉴定，确定YIM 101505T 属于Corynebacterium 的一个新种，命名 为 Corynebacterium faecale；YIM 101593T 属于 Mobilicoccus 的一个新种，命名为 Mobilicoccus caccae。 为了进一步探索灵长类肠道微生物功能及潜在应用价值，本次研究首先通过部分去重复且从灵长 类动物粪便分离到的约460 株菌进行淀粉酶、脂酶、纤维素