Topos4.0计算MOF拓扑2.docxVIP

数据来源：/doi/suppl/10.1021/acs.inorgchem.5b00987CCDC号： 1045864ZnL4拓扑分析1. 打开软件，找到CIF文件导入(database菜单下的import)：单击打开，出现如下：单击打开，出现如下：单击Yes,出现如下：在对话框中输入1（即将0改为1），再单击OK,在出现的对话框中单击OK,最终出现导入分子式，如下：2. 读取原子信息：即单击，出现如下界面：选择OPTIONS,按下图设置参数：单击OK，并RUN。出现如下的原子信息结果：单击新窗口外的任意地方，回到主操作界面，以进行下一步操作：3. 选择氢键模式：双击界面上的操作对象（即图中蓝色选择的分子式），在弹出的下图窗口中选择Adjacency Matrix，出现键联信息。将所有羰基C原子和苯环C原子设为H键，将吡啶环与苯环间C原子设为H键，将联轮桨中间O-Zn键设为H键(右键单击相应原子，在弹出菜单中选择H-BOND，此例中即C1-C8,C3-C4，C6-C9，O6-Zn2)。设置结果如下：单击save保存。(有时候会出现一些不正常即原来没有的键，可以将它们设为非键)4. 计算拓扑。单击，单击option，选项卡勾选如下，common中增选一下，并单击Yes；Topology中的H bond从None改选为Mol，单击OK单击Run，单击Yes，输入1，右击选择select all，单击Whole Molecule。再在主程序的单击菜单栏中的Compound下的Auto Determine中的Simplify Adjacency Matrix，不用改动，单击OK，新拓扑已经生成。5.查看新拓扑, 单击主菜单的，弹出拓扑绘图窗口，再次单击新窗口的，即可看到拓扑图：{可以对其进行操作：为选择原子；为转动图片；为平面转动；按住鼠标左键推拉可以放大缩小图片；为平移；（可以设置原子颜色：用单击某个原子，出现如下对话框,在选择Cryst.Sort时，单击Change Color可以对一类原子变色；）; 单击可以延伸结构图}。以上得出的拓扑与需要拓扑之间存在差异，主要为下图中的灰色原子(为吡啶环的点)连接的两个原子要进一步简化为直接用一根杆相连；同理粉红色的原子也可以简化为直接连接：即将目前的配体及轮桨连接变为：；6. 进一步简化拓扑。（此步骤主要用手动输入键长范围来实现，注意要将所有要保留的键长都输入。）在下图窗口为活动窗口下，单击主窗口的在弹出的窗口中单击option，再在弹出的新窗口中单击Matrix, 将method下的选项设为range.在右边的窗口输入如下键的键长范围：Sc-Sc 7.1-7.15Sc-Cr 5.3-5.4Sc-V 5.4-5.5V-V 7.1-7.2：完成后点击OK保存，在活动窗口菜单栏单击Run,出现如下：在新窗口外任意处单击回到操作界面。单击可以查看新拓扑：目前仍然有离散的原子，退出图片窗口，然后单击主程序菜单栏中的Compound下的Auto Determine中的Simplify Adjacency Matrix，不用改动，单击OK，新拓扑已经生成。可以单击图标查看新的拓扑图，符合要求。可以保存此拓扑图：单击Image下的Save,再单击保存：7. 生成新拓扑报告。单击，单击option，如下选项卡(注意有变化)单击Run，单击Yes，片刻后，出现下图，右击select all，单击OK(若没有出现拓扑信息，可以重复操作一次，就可以了)完成后出现：8、保存数据：单击当前窗口的Data下的save data即可将拓扑信息保存为Zn-HL_c.ado，可以用TXT文本格式打开，文件的最前部分为拓扑中各键的键长信息；。单击主程序菜单栏的Database下的export可以将数据保存为CIF格式，可以导入diamond作图。双击下图的分子式，弹出下面对话框，单击Comment,可以查看简化原子是由实际结构中的哪些部分组成：若要导出可以在3dt里面画tilling图的.cgd文件，则在第7步时，设置如下：Max Ring 填拓扑中的最大环数(先把Max Tile Size 的2改为100，前面的选项才可以激活；3D Surfaces 可以不选)设置完后，单击OK，再点击Run,出现：点击Yes，弹出：右键单击全选元素，然后单击OK:上面的文件信息前面部分与以前的结果是一样的；后面部分为tilling图的相关信息。在文件夹中会产生cgd文件，导入3dt软件即可以作图：