高梁非编码区SSR引物设计以及e—PCR的验证.pdfVIP

研究报告 陆景标 等 ：高粱非编码区SSR引物设计以及 e—PCR的验证 · 研究报告 · 粱非编码区SSR引物设计 以及 e—PCR的验证 陆景标 ， 李杰勤 ， 卢 杰 ， 詹秋文 (1．安徽科技学院， 安徽 凤阳233100； 2．安徽农业大学， 合肥 230036) 摘要：本研究通过在 NCBI公共数据库的高梁全基因序列中进行简单重复序列SSR搜索，结果显示共有87950个SSR位 点，共有l134种重复，其中二元碱基和三元碱基重复所占比例最大，分别占43．36％，32．38％。根据 SSR搜索结果设计 了高粱SSR引物，通过两次e—PCR验证和筛选引物，随机合成 了50对引物。以先锋和乐食两个高丹草品种为材料进行 引物的筛选和评价。结果表明，5O对引物中有46对引物出带，但只有8对引物具有多态性。这说明在高梁非编码 区设 计的引物多态性并不高于EST．SSR引物，但对高梁的SSR引物的开发可以起到补充和促进作用。 关键字： 高粱；非编码区；SSR；e—PCR；多态性 中图分类号： S514 文献标志码 ： A 文章编号： 1101—4705(2010)09—0001-07 DesignofSSR PrimersandVerificationofE--PCR inNon-c·oding ． RegionsofSorghum Genome LUJing．biao ，LIJie．qin ，LUJie ，ZHANQiu-wen (1．AnhuiScienceandTechnologyUniversity，FengyangAnhui233100，China； 2．AnhuiAgriculturalUniversity，Hefei230036，China) Abstract：Thecompletegenomesequenceofsorghum whichdownloadedfrom theNCBIpublicdatabaseswas usedforasimplesequencerepeatedSSR search．Theresultshowedthattherewere87950SSR lociand1134 kindsofrepetitionabouttheresultsinal1．Theproportionofdinucleotideandtrinucleotiderepeatswasplaced onthefirstplace，accountingofr43．36％ and32．38％ ofhteal1．SSR primersofsorghum weredesignedba— singonthesearchresultsofSSR，accordingtousehtee—PCR tovalidateandscreenprimerstwotimes，50pairs ofprimers werearbitrarilyselectedandsynhtesized toevaluatehteseprimers bysorgham—sudangrasshybrids suchasXian—FengandLe—Shi．Theresultsshowedhtathterewere46targetbandsamong50pairprimer，and htetargetbandswerecharacterizedclearlyandsteadily，ofwhichonly8pairs hadpolymorphism．Itindicated htathtepolymorphism ofsorghum designedprimers in non--codingregionwasnothigherthna theEST--SSR primers，butitplayedacomplementaryandcatalyticroleonhtedevelopmentofSSRprimersinsorghum． Keywords： so