茶树抗寒调控转录因子-em-+ICE1-em-+密码子偏性分析.pdfVIP

园 艺 学 报 2012 ，39 （7 ）：1341 –1352 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 茶树抗寒调控转录因子 ICE1 密码子偏性分析 时 慧，王 玉，杨路成，丁兆堂* （青岛农业大学茶叶研究所，山东青岛 266109 ） 摘 要：运用 CHIPS、CUSP 和 CodonW 软件程序分析自主克隆的茶树（Camellia sinensis ）ICE1 （GenBank 登录号 JX029153 ）的密码子的偏性，并与茶树基因组及萝卜等 7 种植物的 ICE1 密码子偏性 进行比较。结果表明，茶树 ICE1 偏好于以 A/T 结尾的密码子；与茶树基因组密码子偏性相比，发现只有 6 种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现 ICE1 的碱基组成在单子叶植株大麦与 7 种双子叶植物 分化后发生了较大的变化。在聚类分析中，基于基因 CDS 序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系， 而基于密码子偏性参数相对密码子使用度（RSCU ）的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3 种外源 受体密码子使用频率比较发现，与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有 25 个，与酵母基因组差 值较大的有 15 个，与拟南芥基因组差值较大的有 10 个，这预示着 ICE1 在拟南芥中的表达效率最高，若 要在其他外源受体中进行高效表达，尚需对其密码子进行优化。 关键词：茶树；ICE1 ；密码子用法；密码子偏性；聚类分析；抗寒 中图分类号：S 571.1 文献标识码：A 文章编号：0513-353X （2012 ）07-1341-12 Analysis of Codon Bias of the Cold Regulated Transcription Factor ICE1 in Tea Plant * SHI Hui，WANG Yu ，YANG Lu-cheng ，and DING Zhao-tang （Institute of Tea Science ，Qingdao Agricultural University，Qingdao，Shandong 266109 ，China） Abstract ： In this study the coding sequence of the ICE1 （GenBank Accession No. JX029153 ）in tea plant （Camellia sinensis ）were analyzed with CodonW ，CHIPS （Condon heterozygosity in a protein coding sequence ）and CUSP （Create a codon usage table ）programs ，while compared with the genome of tea plant and ICE1 from 7 plant species. The results showed that ICE1 of tea plant was bias toward the synonymous codons with A and T. Compared with the codon usages of tea genome，the consequence indicated that only six kinds of amino acid codon bias was exactly the same. Further studies found that the ICE1 bases composition had greatly changed after monocotyledonous and dicotyledonous