第十一章 氨基酸蛋白质一级结构.ppt

* 1氨基酸和蛋白质的一级结构 1.1 蛋白质是由二十种不同的氨基酸构成的 1.1.1 二十种氨基酸可以按其侧链分类 1.1.2氨基酸的离子状态取决于环境的pH 1.1.3 使用离子交换层析可将各种氨基酸分开 1.1.4 氨基酸可进行特征的化学反应 1.2蛋白质中的氨基酸是通过肽键连接的 1.3肽可以化学合成 1.4蛋白质可以通过各种生物化学技术纯化 1.4.1柱层析常用于蛋白质的分离纯化 1.4.2电泳分离蛋白质是根据蛋白质在电场中的迁移率 1.5蛋白质的一级结构就是蛋白质的氨基酸序列 1.5.1蛋白质的氨基酸组成可以定量确定 1.5.2 Edman降解方法常用于氨基酸序列的测定 1.5.3大蛋白被水解成肽段后再测序 1.5.4蛋白质一级结构的比较可以揭示进化关系 1.1 蛋白质是由二十种不同的氨基酸构成的 蛋白质是由氨基酸构成的聚合物，所有生物都是利用这20种氨基酸作为构件组装成各种蛋白质分子的。因此这20种氨基酸被认为是通用的或是标准的氨基酸。尽管氨基酸的种类有限，但由于氨基酸在蛋白质中连接的次序以及氨基酸数目的不同，所以可以组装成几乎无限的不同种类的蛋白质。 20种氨基酸都被称之?-氨基酸，因为?-氨基酸分子中的?-碳（分子中第2个碳，C?）结合着一个氨基和一个酸性的羧基，此外C?还结合着一个H原子和一个侧链基团（用R表示）。每一种氨基酸的R都是不同的，侧链上的碳依次按字母命名为?、?、?和?碳，分别指的是第3、4、5和6位碳。 表1.1 20种标准氨基酸的英文名称及简写符号 1.1.1 20种标准氨基酸可以按其侧链分类 20种氨基酸按照它们的侧链基团可以分为：6种脂肪族、3种芳香族、2种含硫、2种羟基、3种碱性、2种酸性和2种酰胺氨基酸。 1、R为脂肪族基团的氨基酸 甘氨酸的结构在20种氨基酸中最简单，因为它的侧链是个氢原子，所以甘氨酸的?-碳不是手性碳。丙氨酸（?-氨基丙酸）的侧链是一个简单的甲基；缬氨酸（?-氨基异戊酸）的侧链是一个含有支链的3碳侧链；亮氨酸（?-氨基异己酸）和异亮氨酸（?-氨基-β-甲基戊酸）都是含有支链的4碳侧链。要注意的是，异亮氨酸分子中的?-碳和?-碳都是不对称碳。所以异亮氨酸存在着4种可能的立体异构体：L-异亮氨酸， D-异亮氨酸，L-别构异亮氨酸，和D-别构异亮氨酸（别构是指一个异构形式）， 脯氨酸（β-吡咯烷基-?-羧酸）明显地不同于其它19种氨基酸，它有一个环形的饱和烃侧链，结合在?-氨基的氮和?-碳上。所以严格地讲，脯氨酸是一个亚氨基酸，因为它含有一个二级氨基，而不是一级氨基。不过在蛋白质中发现的脯氨酸也象其它氨基酸一样，它的?-碳也是手性碳。脯氨酸的杂环吡咯烷环限制多肽的几何构型，有时会在多肽链中引进一个转折的变化。 2、R为芳香族基团的氨基酸 苯丙氨酸（?-氨基-β-苯丙酸）是一个含有苯基的氨基酸。酪氨酸（?-氨基-β-对羟基苯丙酸）的结构类似于苯丙氨酸，称之对羟基苯丙氨酸。酚是个比较弱的酸，所以酪氨酸侧链的pKa值为10.5。色氨酸（β-吲哚-?-氨基丙酸）的侧链带有一个双环的吲哚基，所以色氨酸又称之吲哚丙氨酸。三种芳香族氨基酸都吸收紫外光，在中性pH条件下，色氨酸和酪氨酸的紫外吸收峰在280nm，而苯丙氨酸的在260nm，大多数蛋白质中都含有色氨酸和酪氨酸或其中的一种，所以溶液中280nm吸收的测量常用来估算蛋白质的浓度。 3、R为含硫基团的氨基酸 蛋氨酸和半胱氨酸是两个含硫氨基酸。蛋氨酸（?-氨基-γ-甲硫基丁酸）是个疏水氨基酸，它的侧链上带有一个非极性的甲基硫醚基，不过其中的硫原子是亲核的。半胱氨酸（?-氨基-β-巯基丙酸）侧链上含有一个巯基（-SH），所以又称之巯基丙氨酸。虽然半胱氨酸的侧链显得有点疏水性，但-SH也是一个高反应性的基团。 4、R为含醇基基团的氨基酸 丝氨酸和苏氨酸是两个侧链含有?-羟基的不带电荷的氨基酸：苏氨酸（?-氨基-β-羟基丙酸）、丝氨酸（?-氨基-β-羟基丁酸）。尽管丝氨酸的羟甲基（-CH2OH）在水溶液看不出离子化，但这个醇可以参与很多酶的活性部位反应，就象已被离子化了一样。要注意，苏氨酸也象异亮氨酸一样，具有两个手性碳原子，即?-碳和?-碳原子，通常出现在蛋白质中的L-苏氨酸只是4种立体异构体中的一种， 5、R为碱性基团的氨基酸 有5种氨基酸在pH7时它们的侧链基团带有电荷，其中有3种是带正电荷的碱性R基团，另外2种是带负电荷的酸性R基团。组氨酸、赖氨酸和精氨酸它们都带有亲水性的含氮碱基R基团。组氨酸（?-氨基-β-咪唑基丙酸）的侧链有一个咪唑环，所以又称之咪唑丙氨酸。咪唑基是