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DNA 计算机中的堆栈数据结构1 1 1,2 1 丁永生 ，李汪根 ，邵世煌 1 东华大学信息科学与技术学院, 上海 (201620) 2 安徽师范大学数学计算机学院，芜湖（241000 ） E-mail：ysding@ 摘 要：本文提出了DNA 计算机中堆栈数据结构的一种设计方法，给出了具体的DNA 编 码及实现。首先给出了堆栈存储结构、堆栈元素等 DNA 编码的形式描述；然后描述了在 DNA 计算机上堆栈基本操作的实现方法；最后，为证明其可行性，给出了一个具体算法的 堆栈实例，演示了DNA 计算机上基于该堆栈的算法的运行机制。本文的方法可推广到DNA 计算机上其他类型的数据结构。 关键词：DNA 计算机，数据结构，堆栈，DNA 编码 中图分类号： TP384, TP311.12 1. 引 言 DNA 计算是近年来提出的一种新型计算方式。目前 DNA 计算领域取得的成果主要概 括为：1）求解NP 问题的DNA 算法：1994 年，Adleman 首次成功地在实验室应用DNA 分 子解决了 7 节点的 Hamilton 路径问题，证明了运用 DNA 分子进行计算的可行性[1] ；1995 年，Lipton 提出了运用DNA 实验解决可满足性问题的方法[2] ；1997 年，Ouyang 等人通过对 全体可能的连通子图构建相应的DNA 分子计算池，从而解决了6 节点的最大连通子图问题 [3] 。2 ）DNA 计算机中的基本运算，如：异或、非等逻辑操作以及加、减等算术操作：1996 年，Guarnieri 等首次给出了DNA 计算机运算系统中正有理数的进位加法运算[4] ；1999 年， Yurke 等提出了一种对输入串与运算串的DNA 分子编码是分离的DNA 计算机系统中的加 法运算模型[5] 。3 ）模仿图灵机操作的DNA 自动机：2001 年，Shapiro 等提出了一种以DNA 分子为载体的有限状态自动机模型[6]，该模型的硬件由生物操纵酶实现，软件和输入数据是 预先编码的DNA 分子，通过在试管中自动完成一系列剪切、连接循环最后可以得到编码了 最终状态的输出分子；2004 年，Shapiro 等又提出了一种用于控制基因表达的分子自动计算 机并应用于疾病诊断治疗[7] 。 DNA 计算机要走向实际应用，必须与电子计算机一样，需要解决 DNA 计算机中信息 的合理组织，这就需要合理的数据结构来有效地组织DNA 计算机需要处理的信息。本文以 计算机中典型的数据结构——堆栈为例，讨论了DNA 计算机上堆栈数据结构的设计及其编 码实现，详细描述了DNA 计算机上堆栈的基本操作，并给出了其应用的算法实例。 2. DNA 计算机中的堆栈数据结构 堆栈是一种特殊的线性表，它的所有操作只能在称为栈顶的一端进行。相应地，另一端 称为栈底。对堆栈实现的主要操作包括进栈和出栈这两种，由于最新进栈的数据元素放在栈 顶，也是最新出栈的元素，因此堆栈数据结构也被称为Last-In-First-Out （LIFO ）。 1 本课题得到国家自然科学基金），教育部新世纪优秀人才支持计划（NCET-04-415 ），教育部高 等学校博士学科点专项科研基金资助课题（20030255009 ）的资助。 对于堆栈数据结构来说，内存中存放时通常有两种存储结构：顺序表和链表。如果以顺 序表的方式存放，节点元素将按照其逻辑顺序存放在一段连续的存储单元。另一方面，如果 以链表的方式存放，这些节点元素则不需要要求存放在连续的存储空间，也不需要按照逻辑 顺序存放。 2.1 DNA 计算模型中堆栈的存储结构 在基于生物芯片的DNA计算模型中，我们用双链DNA分子来编码堆栈的一个状态。栈 的元素按照其逻辑顺序存放在DNA分子中，因此这里设计的堆栈的存