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一:必答题在你的研究领域或你感兴趣的领域中,请简述你认为的二个重大的科学突破和一个最有希望突破的科学问题,并说明其对生物科学研究的作用和影响。在此领域中,哪些科学问题你愿意以毕生精力去解决。在你亲自参加的研究课题中,请叙述一组令你特别兴奋或标志性的实验(可简图帮助说明)包括:实验目的实验设计和手段试验中所遇到的具体问题和解决方法实验结果对该领域的贡献下一步实验设计和想法二:选答三题请阐述宏基因组学在微生物领域的研究策略与应用答:宏基因组学(Metagenomics)又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库,利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质(或获得新基因)的新理念和新方法。其主要含义是:对特定环境中全部微生物的总DNA(也称宏基因组)进行克隆,并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质;或者根据rDNA数据库设计引物,通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息。 策略是从特定环境中直接分离所有微生物DNA , 将大片段的DNA克隆到受体菌中表达 , 然后根据某些生物活性筛选有应用价值的克隆。包括 两个方面: ①宏基因组文库的构建 : 宏基因组文库的构建沿用了分子克隆的基本原理和技术方法 , 并根据具体环境样品的特点和建库目的采用了一些特殊的步骤和对策。一般包括样品总D N A 的提取、与载体连接 和在宿主细胞建立中克隆② 宏基因组文库的筛选: 根据其研究目的,宏基因组文库筛选通常有功能筛选和序列筛选两种方法。宏基因组学在基础微生物学研究中的应用 1.发现新基因 由于自然界中大多数微生物物种及其生物量是未知的 , 其中存在大量不可培养的微生物。通过构建宏基因组文库 , 而且从中鉴定出的大多数基因将都是新的基因。 即使是对一个相对较小的宏基因组文库进行筛选 , 所获得的序列与已公布的数据库中的序列的相似性也很低 。 如利用宏基因组文库 , 已发现的新基因主要有 :生物催化剂基因 、抗生素抗性基因以及编码转运蛋白基因等 。2.开发新的微生物活性物质 在地球各种环境中,多达99%的微生物因为不能培养而无法了解。宏基因组学则为新微生物活性物质的开发提供了新思路。目前通过采用土壤、海水、海洋浮游生物、海绵、甲虫、人唾液等环境样品,成功构建了宏基因组文库,筛选到多种新的活性物质如各种酶类及一些次生代谢产物等,将宏基因组文库筛选和基因改组等基因工程技术结合起来 , 在开发新的微生物活性物质方面具有巨大潜力。3.研究微生物群落结构及其功能宏基因组学为认识由可培养和不可培养微生物所构成的复杂生境及其功能提供了可能,且必将在研究生物多样性中发挥重要作用。运用宏基因组技术对海洋病毒已有较深入的研究,为探寻复杂微生物群落中的感应信号分子及其基因调节机制,探知微生物物种在群落中的功能打下基础!宏基因组是指某一特定生境中全部微生物遗传物质的总和,包括可培养的和尚不能培养的微生物基因组。在微生物领域研究策略:宏基因组学以基因组技术为基础,基本程序包括:环境样品中宏基因组的提取;将 DNA 克隆到载体中;载体转化宿主细菌建立环境基因组文库;环境基因组文库分析和筛选。近年来,随着新一代高通量、低成本测序仪的问世,宏基因组的研究可对特定生境中的基因组片段直接进行测序而不用构建文库,从而避免了在文库构建过程中利用细菌对样品进行克隆以及克隆中引起的偏差,简化了宏基因组研究的基本操作,提高了测序效率,极大地促进了宏基因组学发展。应用:医学的应用人体微生物群落结构和功能的研究 1.宏基因组学可以对处于疾病状态下的人体微生境进行研究 , 比较分析正常和疾病状态下、疾病不同进程中人体微生物群落的结构和功能变化。2.宏基因组学还可以对处于疾病状态下的人体微生境进行研究,比较分析正常和疾病状态下、疾病不同进程中人体微生物群落的结构和功能变化。3. 新基因、新活性物质的发现。1 宏基因组学在农业微生物研究中的应用 近年来发展起来的宏基因组学利用分子生物学的研究方法绕过培养方法来研究微生物的多样性及功能 , 为土壤微生物研究开辟了新的道路 。 土壤中多数微生物不可培养 , 这限制了微生物资源的开发利用 。 宏基因组学方法在开发和利用不可培养微生物资源方面有巨大潜力 , 可以将其运用到土壤微生物学研究中 , 也可以用于改造土壤 、 提供有机肥料和改进粮食品种等领域 。 随着微生物宏基因组研究的不断深入 , 宏基因组技术也在土壤 、 海水微生物等 研究领域中成 功应用, 预示着在不久的将来 , 宏基因组技术必将会在更广泛的关键领域取得重大突破 。2 基因组文库构建D
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