DNAstarMegalign入门篇.pdf

先看一下megalign 的简单介绍  MegAlign 提供 6 列队(aligment)方法，进行 DNA 和蛋白质序列的配对和多序列比较 (multiple aligment) 。多序列比较(multiple aligment)可以在MegAlign 的worktable 进行查看 和编辑。可以根据队列(aligment)的结果制作进化树（Phylogenetic trees ），并且，有关序列距 离的数据和残基替代可以容易地作成表格。一般多序列比较(multiple aligment)的结果展示于 队列(aligment)窗口，相似性和差异用彩色的直方图展示。  打开方法与editseq 一样，只不过点选megalign 图标，然后进入其界面    选择File-Enter Sequences   首先进行2 个序列比对，选中所需序列 1 和2 ，点击add，使从左侧添加到右边的框中，单 击Done   出现如图所示界面，选中 1 与 2 （可按control 点选），之后选择 Align-One Pair-By Wilbur-Lipman method   出现如图所示界面，即为blast 结果，但画面不美观，可对其进行调整，点击鼠标所处位置 按钮    出现此对话框，里面可进行一系列设置，可根据自己喜好进行，使界面更美观形象    设置后可看到错配碱基，如下，还是比较直观吧    比对之后可对其进行结果查看，点选View-Alignment report 即可    结果如图    对于多序列的比对，添加序列与一对序列一样，不过选择的Align-Clustal 或者Jotun Hein 命 令