全基因组关联分析—培训课件.pptVIP

* 群体分层 * 如果采用较为宽松的多重假设检验方法就可能导致 I 类错误 ,出现大量的假阳性关联 ; 但是如果采用最为严格 Bonferroni校正 , 则又可能导致过度校正 ,结果使假阴性概率增加 ,而与疾病真正关联的 SNP难以发现 。 二、多重假设检验 结论：GWAS不能仅凭 P 值判断某个 SNP 是否与疾病真正关联 , 多种族、多群体、大样本的重复验证研究(replication)才是提高检验效能、确保发现真正疾病关联SNP的关键 。 * 局限性 通过统计分析遗传因素和性状/复杂疾病关联确定与特定性状 /复杂性疾病关联的功能性位点存在一定难度——同义突变、不在ORF等。 例如：胰岛素基因启动子中的遗传变异增加Ⅰ型糖尿病风险 SNP在 RNA 的转录或翻译效率上发挥作用 ,可能在基因表达上产生短暂的或依赖时空的多种影响 ,刺激调 节基因的转录表达或影响其 RNA 剪接方式 。因此 , 研究者在找寻疾病相关变异时 ,应同时注意到编码区和调控区位点变异的重要性 。 * 局限性 大部分常见遗传变异可能通过单独或联合作用轻度增加疾病发生风险，而这些变异仅可解释部分人群中因遗传引起的表型变异。 * 局限性 最后 , GWAS是一种发现符合常见疾病 -常见变异假 说 ( common disease common variant hypothesis) 相关 位点的方法