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第六章、蛋白质结构预测 第一节 引言 蛋白质结构预测问题 序列——结构——功能 第二节 蛋白质二级结构预测 蛋白质序列： ↓ 二级结构： 1、二级结构预测概述 蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。 二级结构预测的目标： 判断每一段中心的残基是否处于?螺旋、?折叠、转角（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。 二级结构预测的方法大体分为三代： 第一代是基于单个氨基酸残基统计分析 从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向，以此作为二级结构预测的依据。 第二代预测方法是基于氨基酸片段的统计分析 统计的对象是氨基酸片段 片段的长度通常为11-21 在预测中心残基的二级结构时，以残基在特定环境形成特定二级结构的倾向作为预测依据 第一代和第二代预测方法对三态预测的准确率都小于70%，而对?折叠预测的准确率仅为28?48% 其主要原因是只利用局部信息 第三代方法（考虑多条序列） 运用长程信息和蛋白质序列的进化信息 准确度有了比较大的提高 2、蛋白质二级结构预测方法 （1）经验参数法 经验参数法由Chou 和Fasman在70年代提出来 是一种基于单个氨基酸残基统计的经验预测方法。通过统计分析，获得的每个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子，进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构。 每种氨基酸出现在各种二级结构中倾向 或者频率是不同的： 例如：Glu主要出现在?螺旋中 Asp和Gly主要分布在转角中 Pro也常出现在转角中，但是绝不会出现在?螺旋中。 可以根据每种氨基酸残基形成二级结构的倾向性或者统计规律进行二级结构预测。 一个氨基酸残基的构象倾向性因子定义为 Pi = Ai / Ti (i= ?,β,c, t) 式中下标i表示构象态 如?螺旋、β折叠、转角、无规卷曲等； Ti是所有被统计残基处于构象态i的比例； Ai是第A种残基处于构象态i 的比例； Pi大于1.0表示该残基倾向于形成二级结构构象i，小于1.0则表示倾向于形成其它构象。 发现关于二级结构的经验规则 基本思想是在序列中寻找规则二级结构的成核位点和终止位点。 扫描输入的氨基酸序列，利用一组规则发现可能成为特定二级结构成核区域的短序列，然后对于成核区域进行扩展，不断扩大成核区域，直到倾向性因子小于1.0为止。 规则： （i）α螺旋规则 （ii）β折叠规则 （iii）转角规则 (iv) 重叠规则　 （i）α螺旋规则　 沿蛋白质序列寻找α螺旋核 相邻的6个残基中如果有至少4个残基倾向于形成α螺旋，则认为是螺旋核。 从螺旋核向两端延伸 直至四肽片段的α螺旋倾向性因子的平均值{P?}1.0为止。 将螺旋两端各去掉3个残基 剩余部分若长于6个残基，而且{P?} 1.03，则预测为螺旋。 　 （ii）β折叠规则　 相邻6个残基中若有4个倾向于形成β折叠，则认为是折叠核。 折叠核向两端延伸直至4个残基的平均折叠倾向性因子{P?}1.0。 若延伸后的片段的{P?}1.05，则预测为β折叠。 （iii）转角规则　　 转角的模型为四肽 四肽片段Pt的平均值大于100，并且Pt 的均值同时大于P? 的均值以及P? 的均值，则可以预测这样连续的4个残基形成转角。 则可以预测这样连续的4个氨基酸形成转角。 (iv) 重叠规则　 　 对于螺旋和折叠的重叠区域，按{Pa}和{P?}的相对大小进行预测 若{Pa}大于{P?}，则预测为螺旋； 反之，预测为折叠。 （2）基于氨基酸疏水性的预测方法——立体化学方法 氨基酸的理化性质对二级结构影响较大 在进行结构预测时考虑氨基酸残基的物理化学性质 如疏水性、极性、侧链基团的大小等，根据残基各方面的性质及残基之间的组合预测可能形成的二级结构。 “疏水性”是氨基酸的一种重要性质，疏水性的氨基酸倾向于远离周围水分子，将自己包埋进蛋白质的内部。 （3）同源分析法 将待预测的片段与数据库中已知二级结构的片段进行相似性比较，利用打分矩阵计算出相似性得分，根据相似性得分以及数据库中的构象态，构建出待预测片段的二级结构。 该方法对数据库中同源序列的存在非常敏感，若数据库中有相似性大于30%的序列，则预测准确率可大大上升。 假设已知二级结构的氨基酸片段 T=STNGIYW T的二级结构为 CHHHHHT H代表?螺旋， T代表转角， C代表无规卷曲 更为合理的方法： 是将待预测二级结构的蛋白质U与多个同源序列进行多重比对，对于U的每个残基位置，其构象态由多个同源序列对应位置的构象态决定，或取出现