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蛋白灰度分析总结 By sssholy 2012-08-26 （stejun@） 蛋白灰度分析软件有：Image-Pro Plus，Quantity One，Image J 等~~ 但总的来说： （1）Image-Pro Plus 综合性能最好，操作简便结果可靠！因为它有强大的IOD 算法， 能准确反应蛋白灰度~~ 但需要靠魔棒或轨迹法选取目的蛋白区域，有一定的主观性，不过蛋白灰度测定本 身就是半定量分析测量值本身就没有一定标准，不同软件测量值不同，即使相同 软件重复测量数值也不一定相同，因此只要测定数值能反应目的蛋白变化趋势，测 量值相对偏差不大即可~~~ （2 ） Quantity One 有泳道-轨迹测定法，等高线/手绘选取目的区域测定法等方法。 ⅰ.泳道-轨迹测定法： 过程：先剔除一系列背景，再选择泳道（lane ），然后分析条带（band ）,最后使用高 斯建模得出灰度分析值（Gauss Model trace ） 特点：感觉比较科学，重复性好，但十分繁琐，而且有时不能正确反应灰度 （我亲 测过，亲~~ ）。 ⅱ.等高线-手绘选取目的区域测定法：通过等高线或手绘选取目的蛋白区域，最简便， 但重复性不太好。 （3 ）Image J 最坑爹~~~ ，它用魔棒选取区域测定灰度，可是有时很难选中所需区域， 而且方法繁琐，不推荐！！ 在此，只总结综合性能最好的Image-Pro Plus （IPP ）蛋白灰度分析方法~~~~ 1 Image-Pro Plus 分析蛋白灰度教程 说明：目的蛋白的灰度= 目的蛋白IOD 值/ 相应内参IOD 值 1. 使用Photoshop 剪切出目的区域（只含western bolt 条带，如图），保存为 TIFF 格式文件。 2. Image-Pro Plus 打开文件，剔除背景： （1）放大镜放大目的区域 （2 ）Measurecalibrationintensityoptionsimage, 选择背景最大value 值okoksystemclose (3) Measurecount/sizemeasureselect measurements，选择IOD 为测量值， 调整结果显示方式：Options-label style 改为mesurement，选择IOD 为显示值。 （4 ）接下来有2 种方法选择目的蛋白区域 （即找出AOI，area of interest, IPP 核 心元件）：魔棒和手绘轨迹法。 魔棒：首选方法，客观科学，适合于蛋白条带轮廓清楚且各蛋白条带不融合 （若条 带弥散，相互融合，则魔棒无法选择单一蛋白条带，这时就要用手绘通过肉眼选择 目的蛋白区域）。 手绘轨迹法：主观性较强，当魔棒无法选择单一条带时才使用。 （5 ）count/sizeeditconvert AOI to object得出IOD 值 （6 ）若测下一条带，则点NEW AOI 按钮，再按以上方法选择AOI (7) 可以count/sizeviewmeasurement data 显示或输出测量值 图示过程如下： 2 3 4 5 6 魔棒法： Or 手绘轨迹法: