原创力文档- 1、本文档共2页，可阅读全部内容。
- 2、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 5、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 6、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 7、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 8、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
贝叶斯法构建系统发育树
贝叶斯法构建系统发育树
打开PAUP软件，打开目标文件和primates文件，将目标文件修改成primates文件格式。 2. 用modeltest3.7软件分析模型参数。 3. 打开mrbayes软件，文件输入。命令：execute 文件名.nex 4. 设置参数，模型（上面modeltest3.7软件分析模型参数）。命令：lset nst＝6/2 rates＝gamma/invgamma/propinv,若要检查模型的参数，输入命令showmodel。若设定lset nst＝2，需输入命令report tratio＝dirichlet。 3.1 mcmc ngen=100000(1000000) (samplefreq=10(100)),注意：代数可以先设为10000，以便估计时间的长短。help mcmc来确认设置。 3.2 运行结束前，标准误差要小于0.01,否则增加代数，继续运行 4.1 sump burnin=250(2500);抽样的25％划为老化样本，舍去。PSRF值需约等于1.0,否则要运行更长时间。 4.2 sumt burnin=250(2500),输出所得的进化树，可用treeview打开.
Modeltest 3.7基本操作步骤（中文） Moedltest是进行似然法计算必须的软件之一，它可以帮助大家为所获数据选择最佳的模型进行计算，得到最优的结果。目前该软件的这里介绍一下Modeltest3.7的基本操作步骤： 1. 下载Modeltest3.7软件和模型文件modelblockPAUPb10.txt； 2. 将序列同源排序后保存为XXX.nex文件；全部拷贝到C盘。 3. 打开模型文件，将文件内容拷贝到XXX.nex文件的末尾，可以将该文件另存为XXX.test.model.nex，保留原来的*.nex文件；； 4. 打开PAUP4.0应用程序，将XXX.test.model.nex文件拖入PAUP窗口，然后在命令行输入：execute XXX.test.model.nex，回车后PAUP就开始对数据进行模型估计，结果将保存为model.scores文件和modelfit两个文件，文件位于PAUP4.0软件的文件夹中； 5. 将model.scores文件拷贝到Modeltest3.7.win.exe所在的文件夹中。在“开始”，“运行”里面输入“cmd”进入dos窗口。采用dos命令进入到modeltest应用程序Modeltest3.7.win.exe所在的文件夹。输入“Modeltest3.7.win.exe model.scores test.outfile”，回车后Modeltest即开始模型检测，结果将保存在test.outfile文件中； 6. 最后用记事本打开test.outfile文件，该文件中有对最佳模型的解释和说明，估算出的参数位于BEGIN PAUP和END之间，将这些参数直接拷贝到ML法命令集中就可以进行似然法运算。
文档评论（0）