5-6突变位点的检测.ppt

主要内容 遗传标记 遗传标记：形态学标记、细胞学标记、生化标记、分子标记 分子标记（Molecular Markers） 广义：可遗传并可检测的特异DNA序列、RNA或蛋白质。 狭义：指DNA或RNA标记。 DNA遗传标记：指以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接的反映。 DNA遗传标记的种类（P436）： 限制性片段长度多态性RFLP、简单重复序列（SSR）、SNP。 主要内容 DNA遗传标记(P437) 第一代标记： 限制性片段长度多态性（RFLP） 定义：用限制性内切酶特异性切割DNA链，由于DNA的一个“点”上的变异所造成的能切与不能切两种状况，可产生不同长度的片段，可用凝胶电泳显示多态性。 优点：广泛用于检测已知DNA点突变，可以检测大到几千个碱基对DNA片段；对SNP位点检测和基因分型均能较准确的判断。 缺点：限制性酶切过程中不可避免的遭遇到酶切不完全或DNA降解的现象，且只能检测已知多态位点，不能罕见的或未知的突变位点；每次酶切2-3个片段，信息量有限；限制性内切酶价格较昂贵。 DNA遗传标记 第二代标记：简单重复序列（SSR） 定义：真核生物基因组中散布有由大量由简单重复序列所组成的微卫星和由串联重复短序列组成的小卫星。在小卫星或微卫星的两端往往是相对保守的限制性内切酶位点。通过特异性引物进行PCR扩增、凝胶电泳和放射自显影（或银染），可以检测到在简单重复序列中由于重复单位数不同而造成的DNA区域的多态性。 优点：与RFLP标记相比SSR检测的多态性频率高得多。 应用：基因定位、DNA指纹分析、遗传分析和疾病诊断等。 缺点：要克隆足够数量的SSR并进行测序，需要投入足够的资金、人力和时间。 DNA遗传标记 第三代标记：SNP 定义：基因组DNA序列中单个核苷酸的突变引起的多态性。 SNP是基因组中最简单、最常见的多态形式，具有很高的遗传稳定性。 已经在人类基因组中发现了超过1000万个SNP位点，平均约每300bp就有一个SNP。 绝大多数SNP位于非编码区。 优点：可用于检测未知突变；可以与DNA芯片技术相结合实现自动化检测。 缺点：存在假阳性和假阴性；检测效果受检测条件影响。 DNA遗传标记 依据DNA遗传标记进行基因分型。 P473基因型（genotype）： 人：除性染色体外，人类细胞内的染色体都有两份，一个人所拥有的一对等位位点的类型被称为--。 泛指：同一基因座位上多个等位位点的类型。 基因分型（genotyping）：确定某个个体基因型的实验。 等位位点（P66）：指染色体DNA同一位置上的每个碱基类型。 主要内容 基因突变 定义：由于体内外各种因素使基因特定的DNA序列的碱基组成或排列顺序发生改变，导致DNA一级结构改变。 根据分子机制不同分为：插入突变、缺失突变、点突变 。 插入/缺失突变：DNA序列插入/缺失一个或多个核苷酸的突变。 eg. 转座子（复制型转座子、非复制型转座子）。 基因突变 点突变：指一种碱基通过化学修饰、遗传变异、复制错误等引起的单一碱基的改变。 分为转换（transition）和颠换（transversion）。 转换最常见，约占SNP的2/3。 主要内容 SNP (P66) SNP广泛存在于人类基因组中。 单倍/体型（haplotype）：位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称为--。 相邻SNPs的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代（图2-42）。 3~4个相邻的SNP标记构成的单体型就可有8~16种。 SNP SNP分类： 根据SNP在基因组中的分布位置，可分为： cSNP（1/5）、pSNP、rSNP。 从对生物遗传性状的影响上看，cSNP又可分为： 同义cSNP、非同义cSNP 。 SNP的应用（P69）： 人类基因单体型图的绘制 SNP与疾病易感基因的相关性分析 指导用药与药物设计 动物、植物、微生物的遗产改造/育种 主要内容 SNP检测技术（课下拓展，各技术有何优缺点） SNP检测技术 ? PCR-RFLP： 原理：先用PCR技术扩增目的基因片段，由于DNA个别碱基的突变，致使DNA分子的限制酶切位点及数目发生改变，用限制酶切割目的片段，所产生的片段数目和每个片段的长度就不同，即所谓的限制性片段长度多态性。 P427： 突变位点的检测技术 异源双链分析法（HA） 原理： 由于突变和野生型DNA形成的异源杂合双链DNA在其错配处会形成一突起，在非变性凝胶中电泳时，会产生与相应的同源双链DNA不同的迁率。 优点：HA是SSCP法鲜为人知的姊妹篇，操作也比较简便。 HA和SSCP两种方法突变检测模式不